国家国防科技工业局审批权力集中，项目运行相对封闭，相关制度规定不完善。存在违规超配干部、设置职务问题。
国家中医药管理局领导干部经济责任审计制度执行不力，应审未审、审而不用、审而不改现象突出。
国家烟草专卖局各级一把手权力集中，缺乏有效监督制约，顶风违纪时有发生。公款吃喝由明转暗，驻京办、培训中心奢靡浪费问题突出，行业内“小金库”顽疾屡禁不止，“买官卖官”、“带病提拔”、“近亲繁殖”等问题突出。
国家宗教事务局贯彻落实党的宗教政策不到位，一些领导干部存在宗教工作特殊思想，对下属单位监管缺失，一些单位财务管理混乱。
国家外国专家局存在违规套取财政资金和转移事业基金、侵占国有资产收益和企事业单位利益等问题。
国家质量监督检验检疫总局一些基层执法人员以检谋私，违规插手基建工程和政府采购项目。企事业单位、行业协会学会管理不规范，个别私企依附行政权力谋取利益。
全国老龄工作委员会办公室对下属事业单位和社会组织的管理缺位，不少单位“卖牌”收费，用老龄办的公信力谋取利益。
国家信访局对信访局发生的腐败案件汲取教训不够深刻，信访业务管理存在廉洁风险。
国家工商行政管理总局商标评审等行政审批领域廉政风险较大，有的人员与商标代理机构私下勾连、谋取利益，个别领导干部出入私人会所。
