当时正赶上“非典”肆虐。这次归国，尹力是以“救火队员”身份出现，并被调到当时处于“风口浪尖”的国家卫生部，就任办公厅副主任。

彼时，我国公共卫生应急体系尚未建立，除了日常防控，抗击“非典”重要任务之一就是尽快建立健全社会公共卫生应急体系。

而尹力恰好是公共卫生领域科班出身的医学博士，曾在前苏联社会经济与卫生事业管理科研所获博士学位，又有在美国哈佛大学作访问学者的经历。

抗击“非典”期间，他是唯一一个以专家身份参加总理主持召开的专家座谈会的官员，就加强公共卫生建设、促进经济与社会协调发展等问题建言献策。

效果是显而易见的。“非典”之后，中央成立应急管理办公室，各省和地方应急管理办公室也随即建起。此后，各级各部门着力提高公共卫生服务水平和突发性公共卫生事件应急能力，加快突发公共事件应急机制建设，形成以“一案三制”为代表的第二代应急管理系统。

从2004年开始，尹力在世界卫生组织执委会担任执委，并当选执委会副主席。这让他进一步开拓了国际视野。

2006年7月，尹力担任卫生部办公厅主任，两年后升任副部长，时年仅46岁，是当时最年轻的卫生部副部长。

在卫生部副部长任上，尹力分管突发公共卫生事件应急指挥中心，还任国家减灾委委员。青海玉树地震、甘肃舟曲特大泥石流灾害、伊春空难等国内外关注的重大突发公共事件发生后，他都亲赴一线，看望受伤人员，妥善处理相关事宜。

2012年，尹力成为国家食品药品监督管理局第三任局长、党组书记，并在当年召开的中共十八大上当选为中央候补委员。

在担任局长、党组书记短短一年内，他再次充当“救火队员”角色——2012年4月，媒体曝光了数十家药用胶囊生产企业用工业明胶生产药用空心胶囊，并销往全国多个省市，涉及总数一千亿粒，约占全国药用胶囊产量的1/3。

刚刚接任局长的尹力打出一系列“救火”组合拳：从要求企业自查到展开抽验，从敦促问题产品下架、封存、召回，到督促销毁。据公安部数据，该案共侦破生产销售假药案件1.4万余起，抓获涉案人员2万余人，打掉犯罪团伙7000余个，案值160余亿元。

那时，尹力表示，不仅要“救火”于问题胶囊，而且要全面“防火”，消除食品药品安全隐患，让老百姓吃的食品、用的药品都是放心、安全的。为此，在之后的一段时间里，尹力着力以法治思维推动食品药品安全监管长效机制的建立健全，推动食品药品监管体制改革，不仅加快食品药品法律法规的修订，而且加大对食品药品监管执法力度，严厉打击违纪违法行为，系列“组合拳”起到了净市场、管长远的功效。

2015年3月底，尹力入川，担任省委副书记，随后又兼任宣传部部长。