“案子最初迟迟没有进展，郑局长大发雷霆，逮住负责的民警就是一顿臭骂：你们啥球都弄不成！”这位警察回忆说。
1996年5月3日，也即呼格吉勒图案即将开庭审理前，内蒙古自治区“严打”斗争小组考察呼市后，强调此次斗争“时间紧、任务重”，指示呼市政法部门特别是公安机关要发挥“一不怕苦、二不怕死”的精神，成为全区表率。
“严打”指示之下，公安一马当先，“经常加班，一有案子就连轴转”，上述不愿具名的呼市警察介绍，当时因为时间紧，加上一些民警办案素质不高，“刑讯逼供是常事”。
“（受害者）牛仔裤上有三个铆钉，你他妈的不记得了？接下来就是一顿拳脚，打过几回之后，再问疑犯多半会说记得”，当记者问及当时是如何刑讯逼供时，这位“老刑侦”给记者“演示”。
辅佐郑润民的是主管刑侦的副局长冯志明，在呼市当地媒体关于此案的报道中，他是一个“金睛火眼”的神探：“两个男的怎么会知道女厕内有女尸？”
闫峰回忆说，案发后的第二天早上，他出公安局时，透过门缝看见呼格吉勒图蹲在地上、手被反铐在屋内的暖气管上，头上戴着一顶摩托车头盔（防止自残），面色发黑。
案发后第三天，尚爱云接到民警通知，让准备行李送看守所，“床被啊，衣物啊，你儿子招了，警察说。”
严打之下的错位关系
呼格吉勒图在烟厂的工作，就是把卷好的烟，放到传送带上组装，这是香烟出厂前的最后一道工序，对工人体力要求不大，但需要不断弯腰，它需要工人足够的耐心。在母亲尚爱云眼中，儿子内向，胆小，“邻居老人去世，门口摆几个花圈，呼上下班都是绕着走。”
“我宁愿他是出了车祸”，在很长一段时间里，尚爱云生活在指指点点和耻辱中。“呼格吉勒图耍流氓，在女厕把人杀了！”尚爱云总能听见细碎声音在身后响起。
尚爱云不信，儿子会做那种事。今年11月16日，尚爱云找到滑力加，以示感谢。这名退休的呼市新城区检察官，是全国第一名呼吁再审呼案的检察官。
滑力加认为，检察院当时不应对呼提起公诉。他说，呼案有3大疑点，公安存在主观办案之嫌；缺少直接证据，死者体内精斑未做DNA鉴定；公安涉嫌刑讯逼供。
曾有媒体记者获得一份18年前呼案的笔录，该笔录制于1996年5月7日晚上9时20分-即被枪决前一个月，询问人为呼市检察院检察官刘某和彭某。被询问人是呼格吉勒图，呼称自己是无辜的。
该媒体报道，在这份共计7页、1500字的笔录中，呼格吉勒图数次表示:“今天我说的全是实话，最开始在公安局讲的也是实话……后来，公安局的人非要让我按照他们的话说，还不让我解手……他们说只要我说了是我杀了人，就可以让我去尿尿……他们还说那个女子其实没有死，说了就可以把我立刻放回家……”
在叙述“当晚自己的犯罪事实”时，呼格吉勒图做了如下陈述:“我当晚叫上闫峰到厕所看，是为了看看那个女子是不是已经死了……后来我知道，她其实已经死了，就赶快跑开了……她身上穿的秋衣等特征都是我没有办法之后……猜的、估计的……我没有掐过那个女人……”
该媒体报道称，笔录显示，询问人对呼格吉勒图使用了“你胡说”等语言。
滑力加告诉记者，从制度设计上，公检法本是互相制约，这样最大程度上防止冤假错案的发生，但在“严打”期间，则变成相互配合。
1996年“严打”行动一般都是由各级党政领导亲自挂帅协调，公、检、法等部门密切配合，以公安侦破为主力，重点“破大案、打团伙、追逃犯”。检察院、法院提前介入重大案件的侦办，“阅看预审档案材料，熟悉侦查过程，保证受理案件后能及时提起公诉和开庭审理”，以求快批捕、快起诉、快审判。
滑力加说，“严打”时，一旦发生重大案件，公安还在侦查的时候，检察院批捕科就可介入，目的就是为了“快捕”。其后的“快诉”顺理成章，案件几乎是不受监督的达到法院。
被忽视的关键证据
呼格吉勒图死刑后，尚爱云开始找自身的原因，认为是自己的不妥，让儿子遭遇噩运。“假如那天我给儿子做饭，他就不会和同事外出吃饭，也就不会有接下来的事。”
呼格吉勒图供认后，按照“严打”“从重从快”的要求，随后有关的逮捕、起诉、一审、二审等环节均快速完成，包括执行死刑在内，两个月时间走完所有法律程序。
一审开庭时，因为相距较远，检察官起诉了什么，尚爱云没有听清。宣布死刑后，呼格吉勒图不服，提出上诉。
父亲李三仁还去了呼和浩特市人民检察院，请求一定要调查清楚，接待他的检察官表情严肃，只说了一句：“回家料理后事吧。”
对于法庭的死刑判决，苗立律师有不同看法。他在2006年答应尚爱云，帮助其申诉。
苗立认为，对于呼格吉勒图的犯罪证据，并不构成证据链，“受害人体内精斑是否是呼格吉勒图的？掐死受害人的手印是否有鉴定？案发地是否留有呼格吉勒图的脚印？”
曾担任呼和浩特市公安局副局长的赫峰，翻阅过呼案卷宗。
赫峰介绍，相关记录显示，技术人员曾从受害人的体内提取过凶手的精斑。然而，这一关键物证当年未做DNA鉴定。他分析，一是因为当时内蒙古没有条件做；其二就是太自信，“觉得这个案子没有这个证据也能定罪”。
苗立认为，在缺乏直接证据的情形下，法院判决就应该疑罪从无。
但一位长期研究严打的学者认为，在严打时期，这很难实现。她曾撰文反思“严打”：“在实践中，对于侦查笔录中记载的内容，法庭一般都给予认可。这是因为法官同样是维护社会稳定的政治力量，‘严打'又是针对社会治安恶化而展开，法官成为了潜在的控方，法官的角色定位决定了其在裁判中倒向警察，实在无可厚非。”