另外，蔡英文认为，除了现有的调查之外，军队应该针对社会大众的质疑，提出更详细的说明。唯有澄清所有质疑，才能维系社会对军队的信心，也才能维持对外关系的稳定。

第四，蔡英文要求“国防部”和“参谋本部”，除了追究失职人员的责任之外，务必深究事件发生的系统性失灵原因，同时，“国防部“上上下下必须制定更严谨的操演准则，相关人员的训练也必须更严格和确实。

蔡英文在听取简报过程中，对“国防部”说了重话:没有标准作业程序，就立刻去订定;若是已有标准作业程序，士官兵不确实执行，这就是目无军纪，人谋不臧。军队没有纪律，便不叫军队。蔡英文希望，“国防部”针对这一点确实反省检讨。

第五、对于军队近来发生几起负面事件，蔡英文强调，作为“三军统帅”，接下来的改革，她会和军队一起承担。

蔡英文重申，她跟军队荣辱与共。军队做得好的时候，她与军队同享荣耀。不过，当军队犯错的时候，蔡英文也一定会跟军队共同面对。

蔡英文说，军队的尊严，要靠大刀阔斧的改革才能赢回来。军队不需要害怕被检讨。勇于反省，才能壮大军队。

第六、蔡英文也指示，相关部门要针对这次事件，向周边国家以及中国大陆做出完整的说明，并重申台湾地区维持台海及区域和平稳定的决心，没有任何改变。

针对受伤的菲籍与越藉渔工，蔡英文已请相关行政机关提供协助，并已指示驻菲律宾和越南的代表处向渔工家属致意。