国民党前“立委”邱毅26日告诉《环球时报》，马英九卸任后会“很惨”。绿营采取的第一种招数是用“乱枪打鸟”的司法诉讼方式告人，告人是没有成本的。粗略统计，马英九目前已有100多起案子是被告，“如果每一起都要出庭，就能让马英九疲于奔波法庭”。二是“泄密罪”，以这个案件限制马英九出境。三是马英九曾任国民党主席，现在国民党党产被清算，党主席理所当然牵涉其中。第四，民进党的“转型正义委员会”一定对准马英九。邱毅还提到“特别机要费案”，马英九当年被判无罪，现在民进党准备重审。而邱毅早在“大选”前就曾预测称，民进党执政后，“绿色恐怖席卷大地……军公教人员将首当其冲，成为第一波被整肃的对象”，而他们最先的清算目标会对准马英九和国民党党产。岛内有分析称，民进党对马英九进行清算，不仅仅是报复，还通过打击马来否定其一贯坚持的“九二共识”。值得关注的是，由于马英九不顾美国反对坚持登上太平岛，有分析认为他卸任后还可能遭美国清算。

针对绿营清算马英九，风传媒称，马英九位居“总统府”后谨慎到吃了8年便当(盒饭)，结果还是遭到陈水扁案律师组成的“永社”告发并申请限制出境。而“永社”也不隐瞒，直言“比照前总统陈水扁卸任后因案遭到限制出境”，“说穿了就是报复性告发”。他们对陈水扁贪污视而不见，却把马英九年度存款增加作为“证据”，“在这群人眼中，法律显然不是公平的，法律是可以看政党属性与颜色收放的整人工具”。文章嘲讽说，挺扁律师申请马英九限制出境的理由应该存档，“4年或8年后，几乎可一字不易地回敬给蔡英文，马英九有女儿长年在美国和香港，蔡英文至少有半数以上兄姐拥有双重国籍并长年居留美国;遑论蔡英文还没上任，已有浩鼎案难以收拾”。至于“曾任总统，对潜逃管道较一般人更为熟稔”的理由，“未来可以成为政党不断轮替过程中，羞辱卸任元首的通例”。

厦门大学台湾研究院政治研究所所长张文生26日接受《环球时报》采访时表示，台湾标榜法治社会，民进党对马英九的清算需要拿出实际证据，诬告或罗织罪名将给台湾社会抹黑，只会留下“政治恶斗”的坏名。张文生认为，以马的“政治清廉”，应该经得起检验。