指数的分化的背后是两种交易方式下企业估值的变化，中信证券研报显示，截至2017年8月11日，新三板整体PE为28.73倍，其中做市板块和协议板块的估值水平分别为24.06倍和30.81倍。

企业：转板放弃做市

在付立春看来，三板做市成分股数量的变化以及其所引起的公司质量的变化是做市指数不乐观更为主要的原因。

2016年下半年开始，证监会核发批文的速度悄然提高。受到主板IPO加速的影响，在新三板市场深陷流动性困境又亟需融资的优质企业蠢蠢欲动，IPO热情高涨。囿于股东人数、股东成分、股票价格等因素，优质企业纷纷改变交易方式由做市转让改为协议转让。

自2017年起，新三板做实企业数量开始逐渐减少。Wind统计数据显示，2017年初，做市企业为1654家，而到了8月24日，这一数字变为了1495家，较年初减少了9.6%；而挂牌企业数量自年初的10163家增长至11567家，涨幅13.8%。在过去的近9个月时间里，仅有95家企业的交易方式由协议转让改为做市转让，而2016年同期，则有近500家企业选择变更为做市转让方式。

在周宇看来，流动性堪忧的三板市场正经历着一个供需均不充足的恶性循环，增量做市企业供给不足加之券商的保守策略，使得指数不断下行，进而影响企业的收入和估值，继而再度影响做市商的盈利和策略。

2016年12月13日，股转系统发布“私募机构做市业务试点专业评审申请材料评分排名及进入现场验收机构名单”的公告，十家私募被批开展做市试点工作。而9个多月的时间过去了，私募做市后续并未发出声音，似乎处在了暂停或搁置的状态。

同周宇一样，李浩（化名）也在新三板浸染了三年，而他所从事的是承做业务。李浩对经济观察报记者表示，有的私募成立了做市部门，但完全是股权投资的逻辑。“在做项目时曾遇到一家机构的投资人，交换名片后发现，竟是某家获批私募做市业务的负责人，在投资方法和角度上看并不像做股票交易，而是股权投资。”

目前，在做业务时，李浩并不建议企业采用做市转让的方式进行交易。“政策实施不到位，投资门槛没有放开且要求趋于严格，个人投资者越来越少，可以说目前二级市场的流动性非常不乐观，整个市场偏像一个股权交易的一级市场，在这种情况下做市转让的必要性就不大了，还会造成一些不利影响。例如企业一旦决定去IPO，做市可能带来的三类股东的问题，投资者人数超过200人红线等问题都有可能成为绊脚石。”