北京青年报记者注意到，截至8月16日晚，方正系四家A股公司被调查大多超过一年。最早接受调查的北大医药，被调查时间已超21个月，方正证券和中国高科也超过一年，仅有方正科技被调查时间最短。
2013年中国证监会发布的《关于进一步加强稽查执法工作的意见》中指出，为提高案件查办效率，案件调查审理周期原则上不得超过一年，确需延长办理期限的，应报会领导审批。业内人士指出，针对方正系四家A股公司的调查，监管层并未透露延长办理期限的意思。也许控股股东被调查是一个契机，即针对上市公司的调查有可能要结束，毕竟在调查结束之前，北大医药等4家上市公司的经营工作都会受到影响。
事实
隐瞒关联关系为主
从三家子公司的处罚书来看，方正证券方面主要存在两大违法事实：第一大违法事实是，方正集团及其控制的利德科技、西藏昭融、西藏容大隐瞒关联关系， 早在方正证券上市前，方正集团就通过后三家公司持有方正证券股权，但方正证券并未对此履行信息披露义务。二则是，方正集团未将签署补充协议的相关情况告知方正证券，未配合方正证券履行信息披露义务。
方正科技方面，经证监会调查，方正科技、方正集团、武汉国兴等存在以下涉嫌违法的事实：具体包括方正科技未按照规定披露与公司各经销商间的关联关系和关联交易，以及方正集团、武汉国兴未按规定披露持有方正科技股票。
无独有偶，中国高科则存在隐瞒关联交易的违法事实。证监会在下发给中国高科的《行政处罚事先告知书》中称，中国高科全资子公司武汉国信与武汉天馨、武汉天赐之间的交易，构成关联交易。公司应当披露报告期内发生的累计关联交易总额高于3000万元，且占公司最近一期经审计净资产值5%以上的重大关联交易事项。中国高科2012年年报未按规定披露与武汉天馨、武汉天赐之间发生的关联交易，累计5343.38万元，占中国高科2011年末归属于母公司股东净资产（7.47亿元）的7.15%。
特别是12月19日当晚，方正集团的第四家上市子公司北大医药也发布相关被顶格处罚公告。经证监会调查，北大医药、北京政泉控股有限公司、北大资源集团控股有限公司等涉嫌违法的事实包括：政泉控股通过与北大资源控股签订《股权代持协议书》，代北大资源控股持有4000万股北大医药股票，占北大医药总股本的6.71%。此外，政泉控股、北大资源控股未及时将签订股权代持协议事项告知上市公司北大医药。
