1993年6月14日，主演电视剧《伊豆的舞女》，饰演川崎；同年10月11日，出演爱情剧《爱情白皮书》，饰演取手治，并凭借该剧获得了TV Guide和TV Life的最佳男配角奖。他在剧中佩戴的笨重黑框眼镜在日本风靡一时 ；

1993年木村在时尚杂志《anan》举办的“最受欢迎男性”排行榜中取得第五名。在从那期之后，直到16年停刊，期间木村拓哉都是第一名。

1994年，木村出演首部电影《足球风云》，并凭借该片获得第7届石原裕次郎新人奖 ；同年在《青春无悔》中饰演上田武志。1995年出演电视剧《你在时间的彼方》，同年出演电影《爱与梦飞行》。

1996年，木村主演都市恋爱电视剧《悠长假期》，在剧中饰演弹钢琴的音乐学院毕业生濑名秀俊；该剧大结局收视率为36.7% ，被视为日剧巅峰之作之一，该剧播出时造成了“月九不出门”、又称“OL不出门”的社会现象（月九就是《悠长假期》的播放时间），无数男生涌入钢琴教室学弹钢琴，剧中濑名住的公寓楼成为旅游胜地，被称为“濑名楼”。

木村在在1997年演的《快递高手》里饰演的早坂由纪夫喜欢玩蝴蝶刀，造成当时日本大量青少年玩刀造成的伤害事件，剧组不得不删除了木村玩蝴蝶刀的情节。同年，与松隆子合作主演青春偶像剧《恋爱世纪》，该剧平均收视率为30.8%。

1998年木村参演都市恋爱剧《沉睡的森林》，并凭借该剧第三次获日剧学院赏最佳男主角。2000年主演爱情电视剧《美丽人生》，剧中饰演冲岛柊二，大结局收视率为41.3%，平均收视率32.3%，打破近了十年来民放日剧的平均最高收视纪录，木村也凭借该剧第四次获得日剧学院赏的最佳男主角奖。