近日，中国科学院官网“组织机构”栏目更新显示，中科院院机关和分院等下设机构已进行调整。目前，中科院院机关包括办公厅、科技创新发展局、基础科学研究局、战略高技术研究局、重大专项研究局、可持续发展科技研究局、科技基础能力局，学部工作局、人才与人事局、国际合作局、财务与资产管理局、审计与监督局（党组巡视工作领导小组办公室），机关党委、老专家老干部服务局。

相比之前，科技创新发展局、基础科学研究局、战略高技术研究局、重大专项研究局、可持续发展科技研究局等均为新设部门。2025年12月30日，中科院人才与人事局发布的《中共中国科学院党组关于文亚等同志职务任免的通知》中披露了多个新设部门的人事任命。例如，文亚同志担任科技创新发展局局长（兼），陶宗宝、冯国星同志担任副局长；黄延强同志担任副局长（兼，任期至2026年1月）。魏志祥同志担任基础科学研究局局长（试用期至2026年4月），沈毅、李煜辉同志担任副局长；王猛同志担任副局长（兼，任期至2026年1月）。朱俊强同志担任战略高技术研究局局长，王文武、王宇、杨震同志担任副局长；陈亮同志担任副局长（兼，任期至2026年1月）。薛强同志担任可持续发展科技研究局局长，魏勇、许航同志担任副局长；周溪同志担任副局长（兼，任期至2026年1月）。

此外，中科院分院也进行了调整，减少了长春分院和南京分院。上海分院成为中国科学院的派出机构，负责联系和管理中国科学院在上海、江苏、浙江、福建及江西等地区的研究院所。2025年10月，中国科学院南京分院不再保留，并入上海分院。目前，中科院官网“组织机构”公布的分院包括沈阳分院、上海分院、武汉分院、广州分院、成都分院、昆明分院、西安分院、兰州分院和新疆分院。