根据《国家税务总局 财政部 中国人民银行关于进一步加强代扣代收代征税款手续费管理的通知》（税总财务发〔2023〕48号）规定，代扣、代收扣缴义务人和代征人应在每年3月31日前向税务机关提交上一年度“三代”税款手续费申请相关资料。如果因自身原因未及时提交申请，则视为自动放弃上一年度“三代”税款手续费。

根据《中华人民共和国个人所得税法》第十七条规定，对扣缴义务人按照所扣缴的税款，付给百分之二的手续费。自2025年1月1日至3月31日，扣缴单位财务人员可通过自然人电子税务局（扣缴端）“退付手续费核对”模块申请办理2024年度个人所得税扣缴手续费退付。

具体操作步骤如下：首先登录自然人电子税务局（扣缴端），点击左侧菜单“退付手续费核对”，进入相应界面后系统会自动弹出确认信息提示框，点击“我知道了”，系统将自动带出单户核对清册。接着勾选单户核对清册并点击“下一步”。然后查看并确认结报单，检查申请退付手续费金额，并选择开户银行和银行账号等信息，点击“申请退库”。最后系统会弹出提示框，点击“提交”。完成后系统将推送至税务机关及国库审核，审核通过后，申请的手续费将退到指定银行账户内。