与首次逮捕令执行相似，对尹锡悦的第二次逮捕也持续了超过5个小时，但结果却截然不同。1月15日10时33分，尹锡悦被捕，镜头记录下他抵达韩国公调处下车的画面。接下来，他在公调处的录像调查室内接受调查，面对一份超过200页的调查问卷。公调处表示，没有给尹锡悦留出与长官会面的时间。

这48小时将成为关键。公调处需要在逮捕尹锡悦后的48小时内申请拘留令，将拘留时限延长至最高20天。有专家表示，这48小时可能不会顺利，事实上，在调查开始的前两个半小时内，尹锡悦确实一直拒绝配合。过去他常以拖延策略应对不利情况，这次可能也有预判情势不利。内乱罪最高可判死刑，但尹锡悦仍有辩解的空间。

1月15日凌晨，韩国公调处和警方人员抵达总统官邸，再次执行对尹锡悦的逮捕令。当天有1200余名警察和40余名公调处调查人员参与。与第一次执行逮捕令时的艰难情况不同，此次调查人员较为顺利地突破三道防线进入总统官邸。发言人称“总统警卫处没有人员主动阻拦逮捕令执行，今天几乎没有发生肢体冲突”。

这与前一天（14日）总统安全部门的发言有所相悖，当时声明指出未经事先批准强行进入总统官邸的行为属于违法行为。分析认为，这意味着总统警卫处实际上拒绝配合公调处和警方重新执行逮捕令。专家指出，近日总统警卫处处长朴钟俊到案接受调查并辞职，实际上警卫处的执行人员处在“群龙无首”的状态中，今天的逮捕较为顺利或许与此有关。

从公调处之前的准备来看，他们表露出了好像这次逮捕就是最后一次的决心，在分化保护尹锡悦的力量上做了充分的工作。对总统警卫处的强硬态度也一定程度上动摇了警卫员抵制的决心，从这个角度上看，尹锡悦最终被逮捕的可能性很高。

被逮捕的消息传出后，尹锡悦发表对民众讲话。视频讲话发布迅速，引发了是否提前录制的讨论。在《致国民的一封信》中，尹锡悦表示整个逮捕行动都是非法的，决定去公调处是为了避免流血事件。作为必须保护韩国法律制度的总统，他对公调处非法且无效的程序作出反应，并不是承认其合理性。现在是法律崩溃的黑暗时代，但国家的未来仍然充满希望。他重复了两次“为避免流血事件”的说法。

1月15日11时，对尹锡悦的调查正式开始。据当地媒体报道，尹锡悦抵达公调处办公室后将在调查室前配有沙发的休息区等候，公调处次长将向他说明调查日程和方式。公调处为此次调查升级了录像调查室内的设施。调查室面积大约6.6平方米，与对一般嫌疑人进行调查的场所相似。公调处还表示，没有给尹锡悦留出与长官会面的时间。

尹锡悦虽然被捕，但公调处实际只是以他存在“内乱罪头目嫌疑”等情况开启调查。逮捕是为了让尹锡悦配合调查问询。如果48小时后没有任何成果，公调处只能放走尹锡悦。但如果这期间获得了一定的证据，就可以申请拘留令，最长可拘留尹锡悦20天。然而，尹锡悦方并非没有优势，检察官出身的他过去曾参与对前总统朴槿惠和李明博的调查，对现在的情况拥有相当的经验。预计这次调查问询不会太顺利，很可能尹锡悦不会说出什么真正重要的话，因为他太清楚其中的关节，而且他还有一个强大的律师团。

事实上，在调查开始的前两个半小时内，尹锡悦确实一直拒绝配合。15日，韩国公调处表示，在当天11时至13时30分的调查中，尹锡悦始终拒绝陈述，并且拒绝就侦讯过程录音录像。

尹锡悦是以存在“内乱罪头目的嫌疑”等情况受到调查的。韩国总统只有在内乱罪和外患罪这两个罪名上是没有豁免权的，在任期间仍面临被起诉的可能。内乱罪最高可判处死刑或无期徒刑。执法机构此前对参与“戒严闹剧”的其他人物的诉状证明，他们参与内乱的罪名成立，现在只剩下对身为“头目”的尹锡悦的调查和起诉。从这个角度来看，若其他人员提供的证据都直指尹锡悦，而尹锡悦个人否认这些证据，未必能够成功。他认为，尹锡悦最终被以内乱罪定罪的可能性很大。

目前公调处掌握的证据大多是其他人员的供词，没有直接来自尹锡悦的第一手证据。如果此次调查中公调处能拿到第一手证据，对于后续弹劾案的审判也有一定的推动作用，对宪法法院的法官的最终决定会产生威慑力量。由于韩国对内乱罪的调查经验主要来自多年前的前总统全斗焕，在实操层面上，许多规定并不详尽，这就给了尹锡悦“法斗”的灰色地带。因此在调查阶段来看，情况也是不容乐观的，双方都掌握了一定的优势。