在“吉林药方”的讨论中，有些观点对市场和政府“两只手”如何发力的认识存在明显误区。

一些观点虽然看到了东北经济存在“产业空心化”和创新动力不足等问题，但在方法论上简单地把东北问题归结为体制机制问题，甚至错误地认为，激发经济行为主体的积极性，关键在于政策不要扶持，“只要放手，东北自会前行”。

这种所谓的“市场万能论”，在东北振兴中其实很难奏效，而且已被历史证明是错误的。对此，林毅夫团队反驳指出，经济发展的本质是技术不断创新、产业不断升级，以及决定交易费用的硬的基础设施和软的制度环境不断完善的结构变迁的过程，在此过程中需要“有效市场”与“有为政府”两只手同时硬，包括吉林在内的东北地区也不例外。

在林毅夫看来，如果一个经济体现有的产业符合比较优势，在软硬基础设施合适的情况下，会有最大竞争优势，会创造最大的剩余和资本的积累。但是，如果软硬基础设施还不完善，交易成本太高，无法成为竞争优势，政府就应该在外部性补偿和软硬基础设施的完善上发挥积极有为的因势利导的作用，使具有“潜在比较优势”的产业变为新的具有“竞争优势”的产业。

以发展轻工业为例，轻工业要成为吉林在国内国际市场的竞争优势，必须根据产业发展的需要解决基础设施、电力供应、技术培训、融资和上下游供应链的瓶颈问题，以形成具有竞争优势的产业集群，而这里牵涉许多需要政府协调企业或是政府直接提供才能解决的问题。

事实上，吉林省已经有不少地方一方面通过对失去比较优势产业的过渡性保护补贴以维持稳定，一方面因势利导发展符合潜在比较优势的新产业取得经济的蓬勃发展，并为彻底解决失掉比较优势产业的问题创造了条件。

例如，吉林省通化市依靠产业投资回报率高以及软硬基础设施条件的改善，着力打破人们“投资不过山海关”的刻板印象。2016年，通化市实际引进外省资金930.9亿元，同比增长12.1%。

当然，主张政府的积极作为，并非就是鼓励“乱作为”，更不是搞计划经济。林毅夫团队针对相关质疑和批评指出，新结构经济学的基本主张是“有效市场”和“有为政府”的有机结合，主张的产业政策是政府发挥因势利导的作用，来帮助进入具有潜在比较优势产业的企业家解决自身解决不了的硬的基础设施和软的制度安排的完善，反对需要政府扭曲市场、提供保护补贴来扶持违反比较优势的目标产业的做法。