除了缺乏经费，他们拥有的资源，也远远不能满足研究需要。
贺浩华：我们搞育种，谁拥有好的资源，谁育种就成功了一半。什么叫资源呢，资源就是有不同的品种的种子，不同的资源，有不同的产量的潜力。我们最困难的，开始是没有资源。我们手上的资源只有几百份，数量不够，我们希望几千份，上万份的材料。
除了科研条件的短缺，江西农大在选育双季超级稻的初期也走了不少弯路。当时国内成熟的育种理论，主要是针对单季稻的研究。如何在双季稻方面取得突破，需要贺浩华自己寻找思路。为了追求高产，贺浩华曾尝试把南方的籼稻和北方的粳稻这两种亲缘关系遥远的品种杂交，结果令他先喜后忧。
贺浩华：当时我们就找籼粳亚种的材料。我们栽出来，高猛大，穗子也大，我很高兴了，但是它有效穗少了，另外它的品质又不好。当时我有个品种，一个穗子800粒，最后的产量收下来了，还没有这个200粒的产量高。
这次失败的试验，让贺浩华明白不能一味地追求稻穗的大小和数量，需要取得水稻外在性状与生理机能之间的协调，外在和内在都不能掉队。贺浩华带领团队，对大量的水稻材料进行观察与测定，通过分析比对，摸索出什么样的材料才能够使水稻的形状与机能达到协调。
经过大量的试验与总结，针对长江中下游双季稻区的气候特点和生产需求，江西农业大学于2000年提出“性状机能协调型”双季稻育种技术体系。这个体系的提出就好比在科研的茫茫大海上竖起一座灯塔，为培养内在外在相协调的双季超级稻提供了理论指导。
除了资源和技术上的挑战，在十九年来的水稻选育中，江西农大还经常面临不速之客的挑战。这些笼罩在试验田上方的渔网，就是专门用来防范鸟害的。试验田里有着几万块这样的白色塑料牌，每块塑料牌代表着一份水稻材料，每一份材料都承载着一份希望，都有可能成为下一代超级稻的品种的亲本。但是每一份材料只有30株左右，经不起一点点意外折腾。
鸟害、洪水、冷空气，稍微注意不到就有可能导致极大的损失，也就是说你损失一粒种子，就有可能损失一个品种，也让育种人的希望和心血付诸东流。
