此外，全省179个县级以上饮用水水源一级保护区内仍有各类排污口33个、违章建筑3221处。大伙房饮用水水源一、二级保护区内违规建设项目清理整顿进展缓慢。
国家级自然保护区核心区成选金尾矿填埋场
自然保护区内的违法问题在辽宁也较为普遍。
督察发现，海棠山国家级自然保护区核心区和缓冲区内露天矿坑，被中金黄金辽宁排山楼金矿作为选金尾矿填埋场，对保护区生态环境造成严重威胁。该保护区管理局不仅没有对企业违法行为进行制止，反而以书面形式提供排山楼金矿矿区不在保护区范围的证明，明显弄虚作假。
丹东市国土资源部门和大孤山经济区管委会2013年在丹东鸭绿江口湿地国家级自然保护区实验区违法实施农田建设，将约25公顷草地、坑塘湿地开垦为耕地，修建沟渠300余公里、田间道路37公里，涉及保护区总面积达6700余公顷。东港市政府2014年还未经审批擅自在该保护区实验区修建观鸟服务中心，占用保护区3.3公顷。
此外，2014年以来，朝阳市喀左县龙凤山景区管委会陆续在辽宁楼子山国家级自然保护区核心区、缓冲区毁林占地建设栈道、戏台、水塘、拦水坝等旅游设施，违法开展旅游经营活动。
盘锦市贮存危险废物总量已接近20万吨
一些突出环境问题亟待解决。截至督察时，辽宁盘锦市贮存危险废物总量已接近20万吨，仅辽河油田分公司就露天存放含油污泥12.6万吨，环境隐患突出。
作为全国镁资源主要产地，辽宁长期以来行业准入门槛低、环保治理水平差，镁矿开采和加工冶炼造成区域生态破坏严重，连片污染问题突出。
“部分镁制品加工污染严重，” 李家祥说，督察发现，营口大石桥市291家镁制品企业的1394座各类窑炉中，近40%未安装除尘设施，环境管理粗放，粉尘污染严重。鞍山海城市116家镁制品企业多数环保手续不全，企业周边黄烟弥漫，群众反映强烈。
