1997年以后，虽已经彻底淡出乐坛，但凤飞飞从来都没有忘记舞台。她坚持每天跑步锻炼保持体能，风雨无阻。“有时下雨跑到裤脚鞋子全湿，像疯子一样。有时太冷，我就把自己整个头包得像阿拉伯人，只露出眼睛，照跑。”她说。此外，她还坚持每天吊嗓子，为了不吵到隔壁邻居，自创了用玻璃杯套住嘴发声的方法。
凤飞飞再次复出时，已是2003年之后的事情。当时有传言赵宏琦生意走下坡，导致凤飞飞不得不出来“卖唱”。但凤飞飞则表示，因为不能忘怀站在舞台的魅力，在老公与儿子的支持下，终于复出歌坛。
2007年凤飞飞上海的那场演唱会，票房并没有爆棚，或许对于内地乐迷而言，她来得太晚了。但对于台湾人而言，她是永远的歌后。
2011年当时凤飞飞正在筹备台北小巨蛋演唱会，突然发现声带异常，进行详细检查后得知已经患肺癌晚期，声带异常也是由于肺癌扩散。凤飞飞当时透过录音的方式向粉丝道歉，称因为声带长茧，至少要治疗一年，所以取消演唱会。因为她行事低调，圈中很少有人知道她的真实病情。
凤飞飞官网上面发布了遗言，遗言中写道：“向大家报告一则难过的消息，我们挚爱的凤姐，已于2012年1月3日，因肺癌而辞世了，就像睡着了般安详！”向来行事作风低调的她，特别交代等过完农历年元宵之后，再公布她已经化作天使的消息。
让人伤感的是，凤飞飞的弟弟凤飞扬2006年就因腮腺癌并发肝癌病逝，她的丈夫赵宏琦随后因肺癌在2009年辞世，如今凤飞飞自己也难逃癌症的魔掌，实在令人惋惜。
凤飞飞不仅仅是一位优秀的歌手，她带给台湾人的，还是一种通过努力，只有在那个年代的台湾才会发生的飞上枝头变凤凰的传奇。凤飞飞的一生，是一部台湾本土歌谣进化史。她的离世带走的将是全台湾人集体的那段记忆，是整个台湾乐坛的那段传奇。
