２０１２年，时任副总理兼财政部长的肯雅塔雄心勃勃地筹划二度竞选总统，却遭到国际刑事法院以反人类罪名起诉。

２００７年底到２００８年初，肯尼亚大选后发生全国性暴力事件，导致千余人死亡，６０多万人流离失所。当时，时任总统齐贝吉宣布自己连任，反对派指控计票舞弊，拒绝接受选举结果，最终引发暴乱，两大阵营互相谴责对方的行为是种族屠杀。

肯尼亚议会于２０１０年将案件提交海牙国际刑事法院调查。

２０１２年初，国际刑事法院以谋杀、强行驱逐、迫害等反人类罪名起诉肯雅塔，称其为２００７年大选暴力事件的幕后推手。肯雅塔对上述指控坚决予以否认。

肯雅塔当时是总统选举的热门人选。美国警告肯尼亚选民不要选肯雅塔。英国也表示若肯雅塔当选，将与肯尼亚保持“最低程度的接触”。

尽管如此，肯雅塔却在２０１３年的选举中获胜，成为肯尼亚历史上最年轻的总统。分析人士认为，正是西方对肯尼亚内政的屡屡插手，导致肯尼亚民族主义者的选票流向肯雅塔。

２０１４年１０月，肯雅塔将总统职权暂时移交副总统，随后以私人身份出席在海牙举行的针对其指控的国际刑事法院庭审听证会，成为全球首位在国际刑事法院应诉的在任总统。同年１２月５日，国际刑事法院宣布，撤销对肯雅塔的反人类罪指控。

如今，肯雅塔即将开启第二个任期，他面对的挑战还很多：物价水平高、年轻人就业率低、反腐任重道远、反恐不容懈怠……哪一个挑战都不容易解决。

肯尼亚国徽下方写有斯瓦希里语的“团结”字样。未来，肯雅塔只有将更多的人团结在自己身边，才能给肯尼亚民众带来更多福祉。