当时，刚成立没几年的深圳大学全日制学生的规模才不过几千人，但其下属的成人教育学院却有数万名学生。“那时候，深圳可以说是全民上夜校，这成了当地的一大风景。一到晚上，在公共汽车上都能看到人们在捧着书看。”

到了上世纪90年代，经济改革在全国全面铺开，特区当年享受的很多优惠政策已经变成普惠政策。在经济上，深圳面临着被苏州超越的可能，城市的吸引力也在下降。吴惠琼们发现，原先，有很多北京、上海名牌大学的毕业生都愿意来深圳工作，但到了1990年代末期，京沪来深的大学毕业生数量明显下降。深圳的发展如何突破瓶颈？深圳人陷入了迷茫。

那时候，一篇题为《深圳，你被谁抛弃？》的万字网文，将深圳人的焦虑心态展现得淋漓尽致。在2000年左右，深圳找到了一条突围之路，就是科技转型，这就意味着要大力发展高等教育。

吴惠琼解释说，如果自己从零开始办大学，根据国家规定，不能直接办本科，而只能从专科院校起步。算起来，即使一切顺利的话，最快也要28年才能办一所拥有博士学位授予权的一本院校。“28年太长了。当时深圳自己都没有28岁。”吴惠琼说，于是，深圳就产生了一个想法，可不可以请国内其他地方的高校来深圳办学？此时，正好清华大学校长王大中来访，双方一拍即合，并于2000年10月签署了合作创建清华大学深圳研究生院的协议书。

之所以从研究生院起步，深圳有自己的小算盘：本科生的重点在教学，而研究生阶段更多偏重于科研。深圳当时最急需的是高端人才与原创性的科研成果，这些通过办研究生院就可以获得。而且，当时通过调研发现，办本科难度较大。在全国范围内，本科教育的异地办学，大部分都是失败的。

清华与深圳合作的消息传出后，国内很多高校都闻风而动，希望来深办学。但深圳经过考虑，认为应当引进国内最好的大学。就这样，继清华之后，北京大学、哈尔滨工业大学也紧接着与深圳签约合作办学。

与国内很多大学城的建设都是靠大学负债经营不同，容纳了上述三所大学研究生院的深圳大学城，是深圳市政府的“交钥匙工程”，即由深圳出钱、出力负责建设，学校只需“拎包入住”。2003年，位于深圳市南山区的西丽大学城建成投入使用。

在教育部国家教育发展研究中心高等教育研究室主任马陆亭看来，中国经济最发达、最开放的城市，与全国最好的大学合作办学，是一项创举。清华大学和北京大学等国内一流大学研究生院进驻深圳，本身就是一个不可估量的金字招牌，在全国是独一无二的，也是不可复制的。这种结果，也使得深圳大学城明显有别于国内其他城市纷纷兴建的大学城。