2000年底，黄树贤离开江苏、进京任职，出任监察部副部长，步入省部级干部序列，时年46岁。两年后，他任中纪委常委，并在2007年十七大后出任中纪委副书记。十八大后，黄树贤继续担任中纪委副书记，并于2013年3月起任监察部部长、国家预防腐败局局长。
跟不少纪检官员相同，黄树贤非常低调，很少接受媒体采访。其担任监察部副部长期间，有一个重要兼职——北京奥运监督委员会主任。
北京奥运监督委员会组建于2001年12月，当年，为贯彻“廉洁奥运”要求，成立了该机构，黄树贤是该机构的第二任主任，自2003年至2008年任北京奥运监督委员会主任一职。这5年间，北京奥运监督委员会采取了一系列举措，专设设工程监督室，监督奥运场馆工程建设，以及奥运人才招聘引入公示制度、奥运门票销售引入公证监督机制等等。
黄树贤查看奥运场馆账目情况
“政事儿”（微信ID：gcxxjgzh）注意到，北京奥运闭幕后，“廉洁奥运”收获了不少好评，审计署在赛后公布《北京奥运会财务收支和奥运场馆建设项目跟踪审计结果》中称：“北京奥组委收支结余将超过10亿元，同时在财务收支和场馆建设上未发现重大违法违规问题。”
2007年担任中纪委副书记后，黄树贤曾分管中纪委第八纪检监察室及人事工作。按照当时的分工，第八纪检监察室负责华南等地区。
黄树贤分管期间，第八室查处了多个大要案，广东省政协原主席陈绍基案、广东省纪委原书记王华元（后任浙江省纪委书记）案、深圳市原市长许宗衡案等。
上述陈绍基案、王华元案、许宗衡案，案发时间都是2009年。“政事儿”（微信ID：gcxxjgzh）注意到，当年，黄树贤曾在《求是》发文强调，“对腐败现象和腐败分子，敢于斗争、敢于碰硬、秉公执纪、刚直不阿”；“不论是谁，不论职务多高，只要搞腐败，就要一查到底，依纪依法予以惩处，决不让腐败分子逃脱党纪国法的惩处”。
十八大后，中国反腐力度超过以往，跨国反腐合作更是打开了新局面。
跨国反腐合作、追逃追赃正是黄树贤的主要工作之一。他有两个重要兼任——国家预防腐败局局长、中央反腐败协调小组国际追逃追赃工作办公室负责人。
