2016年6月30日，阿基诺三世结束了6年的总统任期，第二天，两名遇害特警的亲属和非政府组织“打击犯罪和反腐败志愿者组织”就到专门负责调查公职人员犯罪的司法部调查官办公室，对阿基诺三世、普里西马和纳皮纳斯提出申诉，指控三人因行动“轻率鲁莽”致使44名特警死亡，要求追究他们的责任。
此后一年间，遇害特警的家属和“打击犯罪和反腐败志愿者组织”不断呼吁调查官办公室对阿基诺三世等人提起刑事指控。
阿基诺三世则对各项指控矢口否认，他认为自己并没有“直接参与到策划和执行抓捕行动”，因此也就不可能直接导致特警的遇害，而他将行动告知已经被停职的普里西马仅仅是因为后者“人脉很广，能为行动提供关键信息”。
由于争议不断，双方各执一词，“马马萨帕诺屠杀事件”成为菲律宾社会难以弥合的一道伤疤。
菲律宾媒体刊登的漫画：“马马萨帕诺屠杀事件”的“幽灵”至今仍没放过阿基诺三世。
杜特尔特曾保证：“本届政府会还遇害者公道”
杜特尔特就任菲律宾总统后，也一直希望通过调查给“马马萨帕诺屠杀事件”一个定论。
今年1月24日，在44名特警遇害两周年之际，杜特尔特宣布以后每年的1月25日为“国家纪念日”，用以纪念遇害的特警。他还公开批评阿基诺三世派出特警而不是军队前往反政府武装控制的南部地区执行抓捕任务，是送“羊入虎口”。
菲律宾现任总统杜特尔特
杜特尔特也向遇害的特警家属保证，本届政府会还给他们一个公道。
于是，菲律宾舆论又重新开始回忆起“马马萨帕诺屠杀事件”，在这种情况下调查官办公室也再不好一直拖延。
终于在7月14日，菲律宾调查官办公室公布了一份长达35页的调查报告，宣布下令以“篡夺职权”等罪名对阿基诺三世、前警察总长普里西马和前特警指挥官纳皮纳斯提起刑事指控。
