1947年10月，国民党陆军训练司令部迁驻台湾高雄凤山镇，孙立人也由此开启了他的又一段人生旅程。当时蒋介石作这样一个安排，很重要的一个原因，就是战争已经快失败了，要打下去必须获得美援，必须要加强对美国的这种沟通，所以才会用孙立人这样一个有留美背景的人去练兵。

孙立人与蒋介石

三年国共内战，蒋介石终以兵败，逃离大陆，1949年5月26日，蒋介石搭专机飞抵台湾高雄，在机场迎接他的正是孙立人。蒋介石刚下飞机，问孙立人的第一句话：“我在这里安全吗？”孙立人随即回答到：“有我保护，有什么不安全？”那么，蒋介石为什么要这样说呢？

孙立人与蒋介石等人在台湾

根据美国解密档案，1949年初，美国国家安全会议经多次讨论，确定了“弃蒋保台”的对华政策，而孙立人，无疑是美方重点考虑的人物。

1949年2月，美国五星上将麦克阿瑟就曾派专机将孙立人接到日本，麦克阿瑟开门见山的提出想扶植孙立人上位。孙立人略作思考后，对麦克阿瑟说到：“我忠于蒋介石，不能临难背弃，我必须要在蒋介石的指挥下挑起保护台湾的重担。”麦克阿瑟听后，在心中暗暗佩服孙立人忠诚的军人气节事，却也默默的替他感到悲哀。之后，孙立人向蒋介石报告了此事，但生性多疑的老蒋还是半信半疑。

麦克阿瑟

蒋介石到台之初，台湾人心浮动，急需有人帮着收拾残局，站稳脚跟，于是蒋介石重用孙立人，任命他为台湾陆军总司令。一则可以帮蒋介石收拾残部，二则可以通过孙立人改善同美国人的关系。

尽管再次被蒋介石启用，但孙立人并没有改掉自己是直言不讳、特立独行的脾气，在台湾他几乎把国民党的高官权臣都得罪光了，甚至还质疑“太子爷”蒋经国的政治能力，这无疑是触犯了蒋介石的底线。

蒋氏父子在台湾

在蒋介石看来，被美国人看好的孙立人已然已经成为“蒋太子”顺利接班的障碍，就算他和美国的关系再好，为了蒋家王朝以后的延续，也不得不除掉孙立人了。

1955年6月6日，蒋介石在台湾高雄的凤山军事基地参加阅兵。早在阅兵前夕，蒋介石就已经获悉有人要在阅兵期间谋反。这个人就是，孙立人的老部下郭廷亮，从缅甸战役两人就并肩作战关系极好。得到消息蒋介石不但没有觉得后怕反而窃喜。因为，他终于找到收拾孙立人的机会了。

孙立人将军

1955年6月24日，蒋介石将孙立人秘密拘捕。8月20日，蒋“纵容”部属武装叛乱，“窝藏共谍”、“密谋犯上”的罪名，革除了孙的“总统府参军长”的职务。至此，孙立人被软禁。消息传到美国，立即引起了强烈的反响。

案件发生一个月后，孙立人递交了辞职信。这份辞职信的出现似乎有些不太合时宜，倒是正合了国民党当局的意，这辞职书是真是假、是出于自愿写的，还是被迫而为之已经无从考证了。这一轰动岛内外的大案，最后由蒋介石的一纸命令作为收场，蒋介石写到：“久历戎行，抗战有功，且事发后，自认咎责，深切痛悔，兹特准于自新，毋庸另行议处，由国防部随时考察，以观后效。”从此，孙立人被软禁起来，成为了台湾“第二个张学良”。

晚年孙立人

这位战功赫赫的缅战将军自此被蒋介石软禁了三十三年，1988年，已是88岁高龄的孙立人在最后三年完全恢复自由之后声明：今天的还我清白不是平反，我从未“反”过，何“平”之有？直到2001年1月8日，台湾地区“监察院”通过决议，称孙案乃“被阴谋设局的假案”。

晚年孙立人

1990年11月19日，90岁的孙立人病逝于台中寓所，然而这个被软禁33年，几乎被除名的国民党高级将领，并未被人们所忘记，为他送葬的队伍比蒋氏父子的还长。