在南昌起义中，由于刚回国参加工作不久，更主要是因为公开的国民党员身份，朱德还不是前敌委员会的成员，但是他对南昌起义所作出的特殊贡献是不可磨灭的。正如周恩来的高度评价，称他“是一个很好的向导”。

关键时刻，挺身而出

面对敌强我弱的形势，前委决定起义军撤出南昌，南下广东，实行土地革命，重建革命根据地。起义军被编为第九军、第十一军、第二十军共三个军。第九军刚成立，原来任命的军长没到位，由副军长的朱德改任军长，兵力只有军官教育团的三个连。朱德带领先遣队走在前头，南下途中，他一面着手组建第九军的指挥机构，一面整编部队，吸收工人和青年学生入伍。

9月初，起义军来到福建长汀，广东遥遥在望了。怎么打进广东？前委经过讨论最后决定：主力部队沿江直取潮州、汕头，争取占领出海口，以便得到国际援助；把第十一军第二十五师划归朱德指挥，扼守三河坝，以防敌军抄袭主力的后路，这就是三河坝分兵，这次分兵，把战斗力最强的两个师分开，使起义军整体实力受到了很大的削弱，后来被陈毅称作“悲惨的决定”。

朱德率部在三河坝经过三昼夜血战，认为掩护任务已经完成，在面临全军覆没的危急时刻撤出战斗，去追赶主力。可是，一个意外的沉重打击到来：主力已在潮汕失败。这时，敌人大军压境，其势汹汹；起义军刚从各方面会合起来，又突遭失败，处于孤立无援的境地，随时都有被击溃或解散的可能。

关键时刻，朱德站了出来。他找来部队骨干开会，断然决然地说：我是共产党员，我有责任把南昌起义的革命种子保留下来，把革命干到底！会议决定：隐蔽北上，穿山西进，直奔湘南。在向赣南进军途中，为了从根本上巩固部队，解决存在的突出问题，朱德、陈毅对部队进行了三次整顿，即著名的“赣南三整”。