1962 年5月，台湾调查局发现“台独联盟”将有大动作，决定对其下手。在蒋经国的亲自部署下，从5月8日至20 日，调查局的数十名特工兵分数路，将“台独联盟”在各地的成员陆续逮捕，6 月8日至22日，该组织在军队中发展的一帮成员，也被捉拿归案。

3个月后，“台湾独立联盟”案中的25名主要嫌疑犯被警备总司令部军事法庭分三批起诉，宋景松因是再犯，被首批起诉，并被判处死刑，几天后就押赴刑场处决。该组织的主要头目陈三兴、施明德被判无期徒刑，其他案犯分别被判处2年至15年的有期徒刑。

第二个被枪决的“台独”分子系陈智雄

陈智雄系台湾高雄人，早年在台湾念书，后到日本留学，通晓日、英、法、西班牙语。因在日本留学的缘故，其思想深受日本右翼的影响。二战期间，陈曾被日军征调到印尼、菲律宾当了两年多的翻译。日本投降后，陈智雄未回台湾，留在日本一面从事对印度尼西亚的贸易，一面从事“台独”活动。

陈智雄是日本境内最早的一批“台独”分子，系多个“台独”组织中的“外交员”，负责对外联络。廖文毅的“台独”组织“台湾共和国临时政府”成立前后，他甚为积极，并被廖文毅派到东南亚各国担任“巡回大使”。

陈智雄的活动，引起台湾情报人员的注意。

1955年，台湾当局通过外交途径，与日本、印尼交涉，告知陈智雄系分裂主义分子，给台湾的安全造成了危害，要求将陈智雄逮捕起来，交给台湾处理。

那时，印尼苏哈托政府与蒋介石的关系较好，台湾与印尼一交涉，印尼很重视，决定扣押陈智雄。由于陈智雄经营的公司总部在日本，按照印尼的规定，陈智雄必须先被遣返到日本。由于台湾当局与日本也交涉过未达成协议，故印尼政府与日本当局商讨陈智雄的遣返事宜时，遭到日本政府的拒绝。

印尼、日本都不欢迎陈智雄，陈无处落脚，被迫在空中飞来飞去，而且时间长达半年，成为闻名国际的“空中飞人”。1955年底，一瑞士议员在媒体上看到此消息觉得此事颇奇妙，对陈智雄产生同情之心，决定利用自己的关系，帮陈智雄取得瑞士国籍。陈智雄考虑加入瑞士国籍可进入日本，便很快地办理了入籍瑞士的手续。

哪知，陈智雄重新进入日本后，仍独性不改，继续在日本大力开展“台独”活动，并成为多个“台独”组织对外交往的穿针引线人。

台湾调查局对陈智雄的活动了如指掌，感到他在日本的危害太大，决定收拾陈智雄。1960 年12月，台湾当局与日本政府经过多轮交涉，提出用交换“日本贩毒犯”的方式，换取日本逮捕、遣返陈智雄，日方原则同意台湾方面的意见，唯一要求是不得判陈智雄的刑。

根据双方达成的协议，1960年12月12日，日本政府将陈智雄遣返回台湾。

陈智雄被遣返回台湾之初，当局确未关押他，但对他的行踪却一直在跟踪、监视。1961年年底，台湾调查局特工在邮件检查中发现陈智雄又在筹组“台独”组织“同心社”，十分震惊，认为他是不可救药、死心塌地的“台独”分子，决定将其逮捕。经蒋氏父子同意并批准，1962 年，台湾警备总司令部军事法庭将其起诉，并判处死刑，同案犯戴村德、肖坤旺被各处有期徒刑8年。