拉萨市内平叛战斗从3月20日至22日，历时23个小时，歼灭叛匪司令洛珠格桑、雪若巴·格桑阿旺、仁希夏格巴等以下官兵5360名，取得了决定性的胜利。

此后，西藏军区又对从拉萨流窜到彭波地区和甘丹寺的叛匪进行清剿，对参加叛乱的哲蚌、色拉、噶丹三大寺进行政治攻势，致使叛匪投降。至4月6日，拉萨战役胜利结束，歼灭了拉萨地区叛匪。同时解除了各地藏军的武装，控制了主要城镇，获得了初战的胜利，为争取全胜奠定了良好的基础。

在此期间，经青海和四川两个方向入藏平叛的部队也分别进入指定位置，准备参加后续的平叛作战。

3月28日，周恩来总理发布国务院命令，宣布解散西藏地方政府，决定由西藏自治区筹备委员会行使西藏地方政府职权，在达赖喇嘛被劫持期间，由班禅额尔德尼代理主任委员职务，任命自治区筹备委员会常务委员帕巴拉·格列朗杰为副主任委员，常务委员兼秘书长阿沛·阿旺晋美为副主任委员兼秘书长。撤销索康·旺育格来等18人的自治区筹备委员会委员及一切职务，并按国家法律分别给予惩处。

班禅当时还在日喀则扎什伦布寺，接到国务院的命令后，立即致电毛主席、周总理，表示完全拥护国务院命令。他在出席日喀则各界人士的集会时对大家说：“西藏地方政府的叛乱分子和上层反动集团真是罪恶累累，恶贯满盈。现在，西藏上层反动集团的叛乱武装已经遭到人民解放军的有力惩罚，这是他们自寻绝路得到的结果。他们是罪有应得的。现在达赖喇嘛被叛乱分子劫持，我已经多次祈祷佛祖保佑达赖佛平安无事，早日回到拉萨。在他被劫持期间，我完全接受国务院命令我担任西藏自治区筹委会代理主任委员的决定，我将竭诚努力，和大家一起，积极协助人民解放军平息叛乱。”之后，班禅即从日喀则动身来到拉萨主持自治区筹备委员会。

3月29日，《人民日报》刊登了新华社《关于西藏叛乱事件的公报》。这篇文稿经毛泽东审定、修改，重要部分多数由他亲笔写就。

《公报》简略回顾了西藏和平解放后所走过的历程，指出了西藏叛乱集团的不得人心和愚蠢反动，向全国、全世界宣布人民解放军已在西藏的多数地区实行军管。

《公报》说：中央人民政府根据宪法规定，历来坚持国内各民族人民之间的团结和西藏人民本身的团结，在西藏实行民族地方自治，这是西藏人民所热烈欢迎的。西藏自治区筹备委员会早已于1956年4月成立。但是，由于西藏地方政府中反动分子的阻挠，自治区的筹备工作很少进展。17条协议中规定藏军要改编，西藏社会制度即农奴制度要按照人民愿望加以改革。这两项重要任务，都因为反动分子的阻挠而不能实现。中央为了等待这些反动分子的觉悟，还在1956年底就告诉他们，在6年内，即第二个五年计划期内，可以不进行改革，也不改编藏军。中央本着民族团结精神，一再责成西藏地方政府负责惩办叛乱分子，维护社会治安。但是，西藏地方政府和上层反动集团，把中央这种仁至义尽的态度看做软弱可欺。他们说：汉人是可以吓跑的;9年以来，汉人动也不敢动一下我们的最美妙最神圣的农奴制度;我们打他们，他们只有招架之功，并无还手之力;他们不敢平叛，只是要我们负责平叛;只要我们从外地调来一大批叛乱武装到拉萨，给一打，汉人准跑;如果不跑，我们就把达赖佛爷架往南山，聚集力量，举行反攻，夺回拉萨;最后不行，就跑印度;印度是同情我们的，可能援助我们;还有强大的美国，也可能援助;台湾蒋总统，已经积极援助;达赖是神，谁敢不从？美国人说过，中国人民公社闹得天怒人怨，都要造反了，现在是驱汉自立的大好时机;云云。这些反动派的灵魂，已经飞到九霄云外，简直要管理整个宇宙了。因此，他们非但不负责制止叛匪的骚扰，反而变本加厉，积极进行叛国的阴谋活动。

《公报》说：为了彻底肃清叛匪，国务院已命令人民解放军驻藏部队在西藏各地实行军事管制。军事管制委员会的任务是：镇压叛乱，保护人民;保护遵守中国法令的外国侨民;受西藏自治区筹备委员会和人民解放军西藏军区的委托，组织西藏自治区的各级行政机构和组织西藏爱国人民的自卫武装，以代替腐败透顶、已经叛变、毫无战斗力、而且为数只有3000多人的旧藏军。拉萨市的军事管制委员会已在3月23日宣布成立。其他各地的军管会，除班禅额尔德尼领导的后藏地区的首府日喀则没有必要建立以外，都将陆续建立。拉萨和各地军事管制委员会都由人民解放军的代表和当地爱国人民的代表共同组成。现在拉萨以西的阿里，拉萨西南的江孜、帕里、亚东，拉萨以北的当雄、黑河，拉萨以南的泽当，拉萨以东的太昭、林芝、扎木、丁青、昌都、察隅等重镇和要区，都在人民解放军的坚强控制之下，当地人民的绝大多数是与人民解放军密切合作的。叛匪活动的地方，只是一些很偏僻的地区。

4月15日和4月19日，第十六次最高国务会议和二届人大一次会议先后在北京举行。西藏平叛和西藏民主改革成为这两个会议的重要议题之一。班禅大师当选为全国人民代表大会常务委员会副委员长。毛泽东在第十六次最高国务会议上，与参加会议的班禅大师就西藏问题进行了长时间的谈话。周恩来总理在二届人大一次会议的政府工作报告中向代表报告了西藏平叛和西藏民主改革的情况。二届人大一次会议闭幕时，就西藏问题专门作出了决议。此外，中共中央也于5月31日，对西藏平叛工作中的若干问题作出决定。

根据人大二届一次会议的决定和国务院、中央军委的部署，西藏工委和西藏军区各部队开始发动群众进行边打边改，西藏的肃清残匪行的斗争和进行民主改革进入了一个新的阶段。