然而，河口慧海的“西藏之旅”并没有就此结束。为了继续搜集藏文佛教文献，也为了完成与尼泊尔的佛经交换计划，1904年10月11日，河口慧海从神户出发，踏上了第二次刺探西藏情报的路程。
新闻链接:日本图谋瓜分西藏利益
对于河口慧海入藏的目的，历来就有种种猜测。英国人彼得·霍普柯克就认为，河口慧海进藏的目的，是由于日本政府眼见英、俄两国对西藏的争夺日益激烈，尤其是沙俄大特务德尔智在达赖身边苦心卧底几十年，骗取达赖和西藏上层僧俗的信任，因此，日本政府不甘心落后，也想在西藏的竞争中分一杯羹，才会派遣河口慧海秘密入藏，刺探有关西藏的情报，甚至寻找时机，在西藏扶植亲日势力。
许多著作也认为：河口慧海“搜集、传送这个禁区(西藏)的政治情报，是日本政府的密探”，“历史学家都把河口慧海看作刺探沙俄在拉萨动向的日本间谍”，“他通过他的英国老师达斯向英国人输送情报”，他“无疑是在通过达斯为英国人服务”。
日本学者金子民雄也在相关著作中十分肯定地说，1904年英军侵略西藏期间，英印军队之所以能够顺利侵入拉萨，靠的就是河口慧海提供给他那位间谍老师达斯的情报。
日间谍周旋于达赖班禅间
上期讲到日本僧人河口慧海冒充中原汉人潜入西藏，以寻找佛经为名搜集情报，并将这些情报提供给了在印度的英国殖民者。
回国后的河口慧海并不满足，为了继续搜集藏文佛教文献，也为了完成与尼泊尔的佛经交换计划，1904年10月11日，他从神户出发，第二次踏上了刺探西藏情报之路。
二次进藏途中遭遇大火
为了完成这次活动，河口慧海先在友人渡边市兵卫和肥下德十郎等人的资助下，购买了黄檗版的汉文《大藏经》，民间财阀大仓喜八郎和涩泽荣一等人又提供了进入西藏的资金。大仓喜八郎还出面为河口慧海联系英国驻日公使，请英国公使出面为河口慧海写了公、私两封介绍信，托英属印度总督寇松为河口慧海的西藏之行提供方便。
河口慧海第二次入藏之时，正逢英国军官荣赫鹏带兵侵略西藏，十三世达赖喇嘛远遁外蒙古之时。所以，尽管河口慧海拿着英国驻日公使写给印度总督的介绍信，但还是被印度政府挡在了门外。
无奈之下，河口慧海决定先去尼泊尔进行《大藏经》的交换。但是，就在河口慧海准备前往尼泊尔之时，突然获悉，包括《大藏经》和作为礼物的日本特产在内30大箱的行李在运输过程中遇到了火灾，许多行李都化为了灰烬。幸亏汉文《大藏经》捆扎得结实，才奇迹般保存了下来。
1905年3月，河口慧海再次到达加德满都。由于尼泊尔方面尚未收集到全套的梵文《大藏经》，河口慧海就此在尼泊尔境内四处周游，搜集自己感兴趣的情报和佛经。直到6月，河口慧海终于得到了尼方提供的全套梵文《大藏经》，将其与自己搜集到的其他佛经一起送回了东京大学。
首次见班禅一言不发
在印度期间，河口慧海并没有被动地等待入藏时机，而是积极主动地活动，寻找、制造着进藏的机会。当时，九世班禅大师正在印度避难，在英印当局的暗许之下，河口慧海面见了班禅大师。英印当局一直想伺机控制班禅，以班禅对抗亲俄倾向明显的十三世达赖喇嘛。所以，尽管英印政府允许河口慧海会见班禅，但仍对河口慧海和他背后的日本政府有所顾虑。会见之前，英国驻江孜的商务代表鄂康诺要求河口慧海在面见班禅时不许说话。因此，在会面中，尽管班禅不断地提出各种问题，但河口慧海只能缄口不言，弄得一旁的鄂康诺哭笑不得。
在这以后，虽然河口慧海又多次在不同场合与班禅会见，但河口慧海明白英国人的眼睛始终在或明或暗地盯着他，因此也就注定了河口慧海不可能在政治方面取得任何进展。惟一能让河口慧海聊以自慰的，就是与班禅之间达成了用日本黄檗版《大藏经》交换西藏藏文《大藏经》的协议。
其实，如果真的从“求法”的角度来看，这正是河口慧海入藏的最初动机。然而，在获得了与班禅交换藏文《大藏经》的许诺后，河口慧海仍旧不惜一切代价寻求入藏之机，这说明，河口慧海进藏的目的已发生了根本性的变化。
此后的近十年时间，河口慧海一直居住在印度和尼泊尔，一面研读、翻译佛教经典、考察各地的佛教遗迹，一面耐心等待进入西藏的机会。
功夫不负苦心人。1912年3月，在南亚等了多年的河口慧海终于等到了梦寐以求的机会。在获悉十三世达赖避难大吉岭的消息后，河口慧海迅速赶到大吉岭，会见达赖。
对于这次会见，由于会见的双方都没有留下具体详实的文字资料，只是河口慧海后来在1915年9月间为《大阪每日新闻》撰写的《西藏入国记》中，含混不清地写了一句，会见中“消除了达赖喇嘛对日本所抱有的误解，取得了信任，达赖喇嘛还愉快地答应了我的入藏请求”，因而给后人留下了很多疑问和想象。
为拿佛经待了一年半
在获得了达赖喇嘛的允诺之后，河口慧海立即投入了潜入西藏的准备工作之中。虽然西藏地方政府为河口慧海的西藏之行打开了方便之门，但英国人却对其入藏之事百般阻拦。为了避开可能的麻烦，河口慧海在两名藏族向导的陪同下，在1914年1月由锡金秘密进入西藏。
由于有了达赖喇嘛的允诺，河口慧海进入西藏后，即以日本人的身份公开活动。1月21日，河口慧海抵达日喀则，住进了玛尼庙。在日喀则期间，河口慧海受班禅之托，为其翻译了一些当时世界上重要的新闻。
5月间，河口慧海的行李送到了日喀则，他立即将行李中日本刊印的《大藏经》和礼物送给班禅。但由于交换来的那塘版《大藏经》用纸过薄，几乎无法翻动，所以他请求换一部印刷效果更好的《大藏经》。河口慧海留下一人等待专门为他印刷的《大藏经》，自己带着几名脚夫奔赴拉萨。
8月7日，河口慧海进入拉萨。由于十三世达赖正在闭关静修，没有马上接见河口慧海。但此时正在拉萨的日本人青木文教、多田等观和矢岛保治郎等人，先后前来拜望了这位前辈。在矢岛保治郎的带领下，河口慧海还参观了由他监督建造的日式军营。
9月29日，十三世达赖喇嘛在罗布林卡接见了河口慧海。会见中，达赖与河口慧海互赠了礼物。河口慧海第二次进藏，一个重要目的就是寻找全套梵文《大藏经》。为此，他还专程去了一趟拉萨以北的热振寺，但最终无功而返。
为了达到搜罗善本佛经的目的，河口慧海在1915年1月再次面见达赖，向其求得了江孜大塔内珍藏的珍品《大藏经》写本。
为了获得这套珍贵的《大藏经》，河口慧海不惜花费一周时间，长途跋涉到达江孜。随后，河口慧海又赶赴日喀则，拿到了班禅允诺的《大藏经》，并在日喀则附近的寺庙获得了多种梵文经典，以及两部贝叶诗集。
完成了进藏工作后，河口慧海在4月18日从日喀则回国，5月抵达大吉岭，8月与达斯父子一起从加尔各答出发，于9月4日回到日本神户。
第二次从西藏回国后的河口慧海，先后在日本的几所大学讲授藏语和佛学。太平洋战争爆发之前的1940年，河口慧海将自己收藏的梵文和藏文经典捐赠给了东洋文库，以后在文库内常设的河口研究室内编纂《藏和辞典》，直至1945年去世。