对于维护民族主权，两岸是否有合作空间的问题，马英九表示，民间合作方案值得讨论，两岸学术机构相互交流研究成果，将会发挥很大作用。

太平岛的蓝绿之争

虽然马英九在会上表示，支持民进党当局不接受所谓仲裁结果的立场，但两岸媒体都注意到民进党此前反对马英九登太平岛的立场。

台湾《联合报》梳理了此前一些绿营和偏向绿营人士的言论，并指出过去近一年来岛内有些人认为“仲裁案”事不关己，甚至讪笑马当局的积极举措。认为他登岛不明智的政治人物与学者，在“仲裁案”后纷遭打脸。

2016年1月27日，民进党“立委”林俊宪：太平岛离我们这么远，是守不住的，马登岛是为了个人历史定位，若去将在历史上留下笑话。

2016年1月28日，民进党“立委”赵天麟：民进党不接受、予以谴责，盼马在“政权”交接期间自持、保守，不能在重大议题上做出过分的作为。

2016年1月28日，“时代力量”“立委”林昶佐：登太平岛没帮助，盼马别当麻烦制造者。

2016年1月28日，台北市长柯文哲：不晓得马英九在做什么，“政权”交接期太长，长到令人每天都心惊胆颤。

2016年1月29日，“立法院”观察基金会董事长姚立明：马英九登太平岛是为了自己的历史定位，若继续暴冲，“立法院”应该弹劾。

2016年7月6日，民进党“立委”王定宇：菲律宾提出的“南海仲裁案”五大重点，未将太平岛列入裁定目标，所以如果你问我“马英九卸任前，在那边忙什么？为何而忙？”，我只能说“鬼才知道！”

此前，台湾媒体还曝出民进党当局对仲裁结果措手不及，临时废新闻稿，当局则极力否认。