秦灭六国后，并未将郡县制推广至所有地方，而是疆域内保留一个小小的、半独立的卫国。秦始皇为何不灭掉它，流传下来的有三大原因，最为流行的说法是，秦国因为感激卫国人商鞅、吕不韦的功绩，故破例保留他们的祖国。商鞅在秦国推行变法，将一个落后的秦国，塑造成头号军事强国；至于吕不韦则有扶立庄襄王(子楚)、辅佐秦始皇(嬴政)的大功劳，坊间更盛传吕不韦为嬴政的生父。

所以，因感念二人的功绩而保存卫国，似乎也顺理成章。但是，秦国一向本性残酷，司马迁着《史记·屈原贾生列传》载：“秦，虎狼之国，不可信，不如无行”，更甚的是，商鞅、吕不韦虽然有功于秦国，但最终都因罪被杀或自杀，说“感念”于两人，有点自相矛盾。

也有观点指，因为卫国多君子之士、世风纯正，让秦始皇不忍心将其吞灭。的而且确，卫国在纷乱中存在八百多年，期间，经历数次亡国危机均能奇迹捱过，这也因卫国本身的贤士积极奔走不无关系，《史记·卫康叔世家》也载：“卫多君子，其国无故”。然而，一联想到秦国与嬴政的一贯作风，这种观点也是牵强。

以上的说法有点不切实际，那究竟为何秦始皇要保留卫国？其中能够推断原因，主要有以下两点：首先，卫国早已是秦国的附庸国。战国后期各国争霸，处在夹缝中的卫国日渐衰弱，到了最后只剩下了濮阳城。公元前254年，魏国凭藉武力杀死卫怀君、扶立元君时，卫国已经失去独立国家的地位，彻底沦为附庸。13年后，秦国攻取濮阳，再度把卫元君迁到野王城，并置于自己的保护之下。至此，卫国由魏国的附庸国，转变成为秦国的附庸国。

换句话说，在秦始皇未统一江山时，卫国已名存实亡。既然如此，再度吞并行动也许是多余的了，如果秦国不想保留卫国，只需一纸诏书废黜卫国国君即可，这也是卫国正式灭亡时，史书用“废”字，而不是用“灭”字的原因。

另一方面，秦国要保留卫国作为“样办”，在形式上宣示对百越地区的统治权。秦始皇要征服的目标，其实并不仅限于山东六国，还有百越地区，即是中国南方沿海一带所有少数民族，这些地区多部族、地域广，也相对落后，即使派兵征服，也难以有效管治。

所以，秦始皇在征服上述地区后，为了有效的控制，采取“间接管治”的方式，将各部族首领都封为“君”，《史记·东越列传》载：“闽越王无诸及越王海王摇者，其先皆越王勾践之后也，姓邹氏。秦已并天下，皆废为君长，以其地为闽中郡”。让他们以附庸国君的名衔，在保持半独立下效忠于秦，以后才逐渐向郡县制过渡。

所以，为了证明各“君”治下的地区也是帝国疆域，皇帝对“君”有绝对的宗主权，在中原有一个卫国做“样办”，也许是卫国仍被保留的深意。

被秦国视为附庸的卫国，在六国灭亡的大背景下存续了12年，直到秦二世元年（前209年），卫国最后一位君主卫君角才被废为庶人，立国超过830年的卫国正式灭亡。