然而1999年发生了一场官司，从此两人少了很多合作机会。陈佩斯发现，央视旗下的电视公司竟然将自己的八个小品私自制作成电影光盘并发行。在寻求调节无果的情况下，陈佩斯只好付诸法律途径。最终，陈佩斯胜诉并得到了赔偿金，但与此同时也与央视产生了不可调和的矛盾。之后，春晚再也没有了陈佩斯的身影。有人说，如果陈佩斯继续在春晚活动的话，那“小品王”这个称号基本上没赵本山什么事了。此话虽然有失偏颇，但不无道理。陈佩斯的崛起让小品崛起，陈佩斯的没落也让其他小品演员获得更多的上位机会。

一夜之间，陈佩斯再不像之前那样受人追捧，商演机会也越来越少，经济状况越来越窘迫。最困难的时候，他找遍全身都掏不出200多块钱给女儿交学费。幸好妻子王燕玲在此之前早就给他留好了退路，她在陈佩斯事业最红火的时候用70万在山上承包了一万亩荒地，为的就是在陈佩斯低谷时给他希望。陈佩斯十分感慨于妻子的居安思危，重新振作起来，安心跑到山里扛起锄头做起了农民。

经过两年的开垦，荒地上种的树木和石榴成了材、结了果，陈佩斯收入了30万的利润。一旦有了本金，陈佩斯心里那颗做演员的心又开始蠢蠢欲动。这次他另辟蹊径，选择去做冷门的话剧。他孤注一掷地将自己的全部身家都用作话剧《托儿》的投资，没想到天道酬勤，《托儿》取得了巨大的成功，陈佩斯不仅收回了投资，还获得了一千多万的利润。此后，《亲戚朋友好算账》、《老宅》等话剧场场卖座，陈佩斯在话剧上所获的票房过亿，成功由小品演员转型为话剧明星。

东山再起后，央视春晚又向陈佩斯抛来了橄榄枝，一时间群众要求陈佩斯重登春晚的呼声极高。但陈佩斯坚定地拒绝了这份邀请，并表示时光不能倒流，春晚就是自己的襁褓，再也回不去了。