7月30日，这届奥运会的判罚引发了很多争议，尤其是在体操男子个人全能的决赛，日本选手桥本大辉在跳马项目中，在右脚出界的情况下依旧获得了14.7的分数，并且拿到金牌，更是让人直呼看不懂裁判的判罚。

撒贝宁在活动中聊到东京奥运会时说“当然除了所有的运动员之外，这届裁判也很不容易，有很多裁判是带病带伤上阵，很不容易。”

7月28日晚间，中国选手肖若腾和孙炜出战东奥男子体操全能决赛。最终肖若腾夺得银牌，孙炜拿下第四名。本次比赛中，东道主日本疑打分优势明显，肖若腾在单杠项目后向裁判提出申诉，但未能成功。

结果公布后，中国前体操队队员、北京奥运会男子吊环、团体冠军陈一冰发文：“不管结果怎么样，孙炜和肖若腾都是完美的，肖若腾就是冠军。”

两届奥运会体操冠军，2008年奥运会个人全能冠军杨威：“太遗憾了，虽然今天的中国不需要金牌来证明我们的崛起，但是中国体育需要，体操需要，肖若腾需要。桥本的跳马起跳、第二腾空和落地加起来只扣了0.9确实是稍显不公，为肖若腾和孙伟今天的表现喝彩，发挥出了自己的最强实力，为你们骄傲！在我们心中就是东奥全能金牌！”

体操奥运冠军李小鹏：“还是恭喜下中国队男子全能第二吧，哎不是我看不懂，是我看得太懂了，有点可惜！今晚分数全部提前踩到！”

中国奥运五冠王邹凯：“为中国体操的小伙子骄傲。”

凌晨，肖若腾也发文：“原以为我今天做不到了，但因为你！你！你！你！你...伟大的祖国！突然间就能做到原以为做不到的事儿！伤病、技术、命运、态度、这都不是事儿！我今儿就是展示，展示什么是中国运动员的意志品质！什么是勇气！什么是精神！感谢伟大的祖国！感谢我自己！感谢我经历的一切！”