故事设定在2048年的近未来世界。2034年，临空市上空出现“深空隧道”，大量被称为“流浪体”的异星生物涌入地球，人类文明遭受重创。为对抗流浪体，“深空猎人”职业应运而生，他们依靠体内的特殊能力“Evol”与流浪体战斗，获取其体内的“芯核”作为能源。

玩家扮演的女主角是一名新晋深空猎人，拥有罕见的“本源系”Evol。她的心脏中藏有宇宙中最强大的能量源——以太芯核，这也是所有势力争夺的焦点。游戏围绕女主角探寻自身身世、揭开深空隧道与流浪体之谜展开，期间与五位背负不同命运的男主角相遇并并肩作战。

女主角入职猎人协会灵空行动部，首次执行任务便与神秘的“光猎”沈星回相遇。在调查收藏家雷温家中的智慧型流浪体时，她结识了天才心脏外科医生黎深，并发现一幅能引发幻象的诡异油画，其作者正是之前在海边偶遇的画家祁煜。

随着调查深入，女主角发现自己的家与14年前的盖亚研究中心“独角兽实验”有着千丝万缕的联系。她的心脏中被植入了以太芯核，而这场实验正是导致裂空灾变的直接原因。不久后，女主角的家发生爆炸，奶奶“死亡”，哥哥夏以昼失踪，这一切都指向了神秘的“暗点”组织与N109区。

为查明真相，女主角在沈星回和祁煜的帮助下潜入N109区。在蚁巢酒吧，她意外发现沈星回就是传说中的“光猎”，而祁煜则是古老的利莫里亚文明最后的海神后裔。三人联手对抗暗点势力，却发现背后还有更大的阴谋。

N109区的“斗兽游戏”即将举行，女主角得知当年的盖亚研究中心旧址就在角斗场地下。在调查过程中，她遇到了暗点组织的首领秦彻——一个来自未来的星际通缉犯。秦彻与女主角有着跨越时空的羁绊，他们曾在星际斗兽场中是最默契的搭档，后来女主角将秦彻关进了星际监狱塔尔塔洛斯。

秦彻告诉女主角，她并非人类，而是原初芯核的意识化身。当年盖亚研究中心的对撞实验意外将她从高维宇宙召唤到地球，以太芯核就是她的心脏。与此同时，EVER集团宣布启动“阿忒之泉计划”，声称可以通过芯核技术让人类获得永生，实则是想夺取以太芯核的力量。

第三颗以太芯核碎片出现，引发了19号禁猎区的大规模暴乱。女主角与沈星回前往嘉会大学调查，发现沈星回其实是来自未来菲罗斯星的“回溯者”。菲罗斯星是未来解体后的地球，沈星回带领回溯小队穿越时空，本想取走地球星核拯救故乡，却在裂空灾变中与女主角相遇，改变了原本的计划。

黎深的身世也逐渐揭开，他是“神语者”，能够听到宇宙的声音。平行时空的黎深成为了“黎明抹杀者”，专门猎杀因芯核污染而变异的人类。两个时空的黎深通过梦境交换记忆，让他对自己的使命产生了动摇。

失踪已久的夏以昼以远空舰队执舰官的身份回归，但他似乎已经被EVER集团控制。女主角潜入远空舰队调查，发现夏以昼在毕业飞行考核中曾穿越深空隧道，被EVER集团救回后进行了人体改造。

EVER集团的“阿忒之泉计划”进入关键阶段，他们在塔那卡利岛建立了秘密基地，进行大规模的人体实验。女主角与夏以昼在岛上展开对峙，最终夏以昼选择背叛EVER集团，帮助女主角摧毁了实验基地。但EVER集团的头目丁业为带着核心数据逃脱，计划并未完全终止。

女主角意外吸收了维次芯核的力量，导致自身能量失控。为寻求解决方法，她与秦彻再次深入N109区，找到了当年盖亚研究中心的旧址。在这里，他们遇到了“卡戎之主”于觅——当年独角兽实验的研究员，也是女主角奶奶的同事。

于觅告诉女主角，当年的实验失控后，是秦彻从对撞舱中救出了她。于觅一直留在N109区，是为了守护盖亚旧址，防止EVER集团获取实验数据。在最终对决中，于觅试图将女主角重新关进对撞舱，以彻底摧毁以太芯核，结束这场灾难。秦彻再次救下女主角，完成了与于觅多年前的交易。

最新主线篇章补全了整个深空宇宙的背景框架。女主角通过回溯能力，看到了五位男主角各自的过去与未来，揭开了许多未解之谜。沈星回为了拯救菲罗斯星，已经进行了1326次时空跳跃；祁煜与女主角一起进入了藏在深空裂隙中的鲸落城，了解了利莫里亚文明的最后遗迹；黎深直面自己的噩梦，与平行时空的“黑黎”达成和解；秦彻向女主角坦白了一切，讲述了他们在星际斗兽场中的经历；夏以昼的身体状况日益恶化，但他仍然坚持与EVER集团战斗，保护妹妹和这个世界。

截至当前，主线剧情停留在“献给昨日之诗”篇章的结尾。EVER集团的“阿忒之泉计划”仍在继续，丁业为带着完整的实验数据消失，准备进行最后的反扑。第三颗以太芯核碎片的下落仍然不明，深空隧道的另一端还有更多未知的危险。五位男主角的命运都与女主角紧密相连，他们各自背负的使命最终都指向同一个目标——保护女主角，保护这个世界。未来的剧情将围绕“大清洗”的预言展开，人类文明的存亡系于女主角与以太芯核的最终选择。