《唐宫奇案》的终极幕后凶手是右相崔悯忠（主导端王府灭门与全剧核心阴谋），各单元案另有独立凶手。

十五年前因端王掌握其勾结突厥谋逆铁证，篡改星象、假传圣旨血洗端王府，伪造“发狂自戕”假象；长期篡改卷宗、灭口证人，借绣红楼等案排除异己，操控朝堂。李佩仪与萧怀瑾联手拿到谋反密信与罪证，皇帝下死诏，李佩仪持圣旨于崔府将其斩杀，家族冤案昭雪。淑妃崔玉瑶（其妹）为内应，协同掩盖罪行。