《暗河传・九霄龙吟篇》承接《暗河传・惊蛰之变篇》的剧情，继续讲述了暗河组织内部权力更迭以及各方势力纷争的故事。

暗河大家长身中奇毒，苏、谢、慕三家势力趁机发起叛乱，企图夺取眠龙剑以获得大家长之位。在《暗河传・九霄龙吟篇》开篇，大家长虽以一己之力反杀众人，但三大家族对于眠龙剑的觊觎并未停止。苏暮雨作为大家长护卫团蛛影的首领傀，负责保护大家长，而他的挚友苏昌河却代表苏家加入了刺杀大家长的行动，两人为了各自的信仰站在了天平的两端。

在故事中，谢、慕两家联手闯蛛巢，却被大家长反杀；为夺眠龙剑，慕词陵先后与苏烬灰、谢七刀展开对决；苏暮雨和苏昌河兄弟也曾联手对战提魂殿三官。此外，暗河幕后提魂殿的三官蠢蠢欲动，一个更加意外的组织“彼岸”，则要带领暗河前往新的方向。

在这个过程中，不仅有紧张刺激的战斗场面，如大家长身中剧毒仍以超绝剑法对抗谢家和慕家的围攻，展示出强大实力与坚毅勇气。同时，也有细腻的情感线，如苏暮雨与白鹤淮之间的爱情不断加深，成为暗夜中的一抹温柔光芒，慕雨墨与唐怜月之间的互动也为剧情增添了诸多看点。