《朱雀堂》的惊天阴谋是一个涉及权色交易、蛊毒操控、军火走私与日本特务渗透的复杂布局。

赵司令（郑祖康假扮）与高老爷子等权贵相互勾结，为炒高“大世界娱乐股”，先是利用媒体虚假宣传，待股价高位时抛售，致使无数股民倾家荡产。同时，他们还借着选电影皇后的活动，将朱雀堂舞女当作“礼物”送给有权势之人，满足其私欲，新选的电影皇后沈如春就沦为了他们的玩物。

商会会长程振东是阴谋的关键人物。他通过金色线虫人形蛊毒控制警局局长及其他政要，以此操控上海滩。程家将舞女培养成“人形蛊毒”载体，舞女红袖腹腔中就被植入了金色线虫，且她还接触过程振东书房的机密文件，实际上是为程家服务的间谍。

剧中出现的一张旧照片显示，照片中女子与朱雀堂老板高英长得一模一样，且照片拍摄日期比高英出生日期还早三年，同时照片中女子旗袍纹样与遇害舞女刺青相同，程家公馆轮廓也与朱雀堂地下室祭坛图案重合，暗示程家可能掌握易容术，试图批量制造“永生花魁”，以此达成不可告人的目的。

程家还涉及军火走私，企图通过掌控军火来获取更大的权力和利益。高英最后炸毁了程家地下军火库，可见军火交易在其阴谋中占据重要地位。

程家背后的终极BOSS是日本特务机关“梅机关”的影佐祯昭。他利用程家，通过蛊毒、权色交易等手段掌控上海滩，妄图为日本侵华等阴谋做铺垫，程家只是其实现野心的傀儡。