《锦绣芳华》后续剧情主要讲述了何惟芳与蒋长扬在夺回芳园后，卷入宁王谋反的权谋斗争，二人携手平定叛乱，最终退隐江湖的故事。

何惟芳得知母亲被假药夺命的真相后，顿悟商人大义，创办了平价医馆“悟庸堂”惠泽百姓，还教授百姓立业之法。当宁王谋反，蒋长扬“战死”的噩耗传来，她一面维持悟庸堂救济灾民，一面变卖首饰筹措军资，甚至亲赴河东联络勤王之师。

蒋长扬表面沉溺声色，实则与圣人密谋铲除逆党，为了大局策划“假死脱身”。他暗中布局多年，欲在“烧尾宴”铲除逆党。最后他率军突袭宁王叛军，与何惟芳所助河东军并肩作战，大败宁王叛军，展现出非凡的军事才能和家国担当。

刘畅与何惟芳和离后入赘宁王府，腿被宁王打断，因爱生恨的他最终死在何惟芳的剪刀之下。李幼贞因不孕心理扭曲，与刘畅相互折磨，她参与了宁王叛乱，还火烧芳园，诬陷何惟芳的药铺，最后在乱军混战中烈火焚身。莲舟作为宁王安插在蒋长扬身边的棋子，在宁王叛乱失败后，失去靠山，困死深宅。

叛乱平定后，面对御殿封赏，蒋长扬辞去百官之首的高位，何惟芳放下长安首富的桂冠，二人携手离开长安，带着何惟芳母亲生前培育的“玉楼春”牡丹，远离是非，过上了平淡的日子。