《以法之名》围绕三个案件展开，采用三案并行、案中套案的多线叙事结构。

这是剧中的核心案件。海东省东平市“万海涉黑案”开庭当天，被告人之一、万氏集团法律顾问张文菁当庭喊冤，称万海不是“黑社会”，此案疑点重重，反映出东平司法可能存在腐败与黑暗。

万海涉黑案的原公诉人、东平市检察院检察官乔振兴在开庭当天离奇“自杀”，并留下视频自认是万海背后的“保护伞”，但几天后，海东省检察院收到匿名举报信，直指乔振兴之死是他杀，使得案件更加错综复杂。

张文菁作为万海涉黑案的关键人物，其被诬陷构是罪案件的重要线索。剧中，海东省检察院检察官在复查过程中发现了诸多疑点，围绕着她是否被冤枉，以及背后涉及的司法人员徇私枉法等问题，展开了一系列侦查。