《朱雀堂》中凶手有多个，从直接凶手到幕后黑手层层递进，表面凶手是程立仁，实际幕后黑手是程振东，终极BOSS则是日本特务机关“梅机关”的影佐祯昭。

程立仁是程家养子，手上沾满舞女鲜血，看似是凶手。但实际上他是死去舞女红袖的双胞胎弟弟，他潜入程家是为了复仇，并非真正的幕后主使。

真正的幕后黑手是早已“死去”的商会会长程振东。他没有死透，而是靠着金色线虫人形蛊毒控制着警局里的大官，以此操控上海滩，程立仁最后也是被他灭口。

程家背后还有更厉害的角色，即日本特务机关“梅机关”的影佐祯昭，程家只是他的傀儡，他才是隐藏在最深处的终极BOSS，操控着一系列阴谋，妄图借此达到其不可告人的目的。