图案刻制完成后，就要进行洗石。以前是用牛粪充当洗涤剂进行清洗，现在则直接用洗洁精进行清洗。清洗完毕后，将石板凉干，就可以上色了。彩绘石刻的颜料以前都是从印度进口的，现在也开始使用藏画颜料或广告颜料。上色笔原来是用马尾自制，现在基本上都是用的毛笔。在上色之前，通常的做法是先将已刻制完毕的刻石画面通刷一道白色颜料，称之为基色。基色干定后便开始着色，该道工序有两大特点，首先是遵循藏族绘画的基本规范，多使用红、黄、蓝、白、黑、绿六种色，一般不使用中间色，以形成鲜明对比;其次是根据《格萨尔》中对画面人物、战马、武器等的具体描述进行着色。一幅一米高、八十公分宽的石刻，一般上色耗费的时间大概在半个月左右。完成上色后，大多还需要在石刻表面涂上一层清漆，这道工序既有保护石刻的作用，还可以使画面历久弥新。

虽然格萨尔彩绘石刻为弘扬藏族民间传统文化作出了不朽贡献，但技艺传承后继乏人的阴影并未消除。凿刻格萨尔画像是一件又苦又累的活，且挣钱不多，多的一个月能挣1000多元，有时一个月只能挣几百元。年轻一点的都愿意出去打工挣钱。由于格萨尔彩绘对艺人的素质的特殊要求，以及艺人受从业性质的限制和市场经济的影响，有的艺人放弃这项技艺而改从其他职业，艺人青黄不接的状况堪忧。

格萨尔彩绘石刻长期露天放置，因高原严寒的侵袭和强烈紫外线的照射而造成较为严重的自然损坏，20世纪60年代又遭到近乎毁灭性的人为破坏，有关刻绘技艺基本失传。20世纪80年代以来，在阿亚喇嘛的发起和组织下，格萨尔彩绘石刻的技艺才薪火复燃。但由于格萨尔彩绘对艺人的素质有着特殊的要求，而石刻艺人基本都是农牧民或寺庙僧人，业余从事彩绘石刻，“有艺不精”，“学而不成”，其中还有一些艺人放弃这门手艺改从他业，因此格萨尔彩绘石刻技艺面临着传人青黄不接的局面，亟需扶持、保护。