1964年2月25日，阿里获得了第一个世界重量级拳王称号，第二天清晨，他宣布自己将改名穆罕默德·阿里，阿里说“克莱”是奴隶的名字，而“阿里”则是个自由的名字。

正当事业进入黄金期时，阿里因为拒绝参加越战而使事业被迫中停，他说：“我绝不会跑到万里之外去谋杀那里的穷人，我想要自由，你们不给；我想要公正，你们不给；我想要平等，你们也不给。你们却让我去别处替你们作战！在美国你们都没有站出来保护我的权益和信仰，你们在自己的国家都做不到这些！为什么要我穿上军装，跑到离家1万英里的地方朝越南那些褐色皮肤的人们扔下炸弹和子弹，同时所谓的黑人在路易斯维尔被像狗一样对待着？我为什么要去枪杀他们，枪杀那些可怜的婴儿、孩子和女人？我怎么能这样做?把我抓起来吧。”

最终，美国政府以拒服兵役的罪名，判阿里5年徒刑，并处以1万美元罚款，被吊销了拳击执照，收回了他的护照，同时剥夺了WBA重量级拳王的称号。经过上诉，阿里没有坐牢，他开始到全国的大学继续发表反战演讲。

被切断了经济来源后，人们为他的演讲支付1500美元至1万元不等，阿里需要这笔钱，因为除了养家，他还要支付大笔律师费用。一次，人们给他的讲座是1500美元，而阿里的账户上只有135美元，他需要这笔钱去加油，买食物。而每当他挣到钱，他会立刻给父母寄钱，然后是妻子和孩子。尽管事业停滞，经济上捉襟见肘，但阿里说自己从无后悔，有人劝他回头，他说正是因为坚持他的信仰才能成就他的今天，“冠军不是诞生于运动场，而是诞生于内心的渴望、梦想和愿景。”一次他对学生说：“我没有失去很多，而是得到很多，第一，我获得了心灵平静，神是我最好的护卫，安拉一直在照顾我，一个人要是总有恐惧情绪的话，他就无法活下去。第二，我获得了来听我演讲的每个人的尊重，我获得了全世界的尊重。”