致远舰现已完全掩埋于海床淤泥之下，给调查确认工作带来较大困难。在物探搜寻阶段，水下考古队广泛收集海战资料、文献史料、古代海图、渔民口碑线索等来圈定搜寻区域，采用多种物探手段进行反复勘探，包括多波束声纳、旁侧声纳、浅地层声纳、磁力仪等，最终锁定沉舰位置，并通过潜水探摸得以确认。在重点调查阶段，水下考古队首先确认沉舰的外部边界(两侧舷边与艏艉)，并选择在舯部位置进行抽沙，确定沉舰的埋深与保存情况。

经水下考古调查确认，“丹东一号”(致远舰)沉舰残长约61米，最宽处11.5米，舰体保存的高度约2.5米，埋藏方向西南-东北走向。虽然沉舰内部舱室未做过多清理，但仍可确认出残损的水密舱室、锅炉舱、穹甲板等部位。其中，穹甲与锅炉发现于舯后部，水密舱见于右舷前部。船体外壳用钢板构造并使用铆钉连接，内侧贴木质船板。船壳所用钢板较薄，仅厚1厘米左右；穹甲以三层钢板铆接，可厚达10厘米。近底部的舭龙骨用角钢、铆钉与舰体相接，宽约20厘米，结构完整，距舰底高约80厘米。

沉舰残余部分在海底淤泥中保存状况较好，舰体外壳钢板强度较高。殊为可惜的是，致远舰舰体原有高度应该在8米左右，而现存高度仅2.5米，按此推算，舰舱高度已被切削掉一半，舰体损毁相当严重。水下考古工作期间，水下考古队还对沉舰的外围进行了钻探，探明沉舰遗物主要散落分布范围在3.8米范围内。此外，水下考古队还采取多角度近景拍摄方式，通过软件进行三维建模，获得较大范围的沉舰水下三维影像。