影片世界观的设定，对于儿童文学作品而言，属于安全范围内的有限度展现黑暗面和残酷面。电影中试图使用魔女之花进行生物改造实验的魔法学校校方，与《佩小姐的奇幻城堡》中猎食儿童眼珠的“噬魂怪”，本质上是同一类型的反派。不过《玛丽与魔女之花》中的魔法学校，并不是黑暗力量的罪恶渊薮（电影中魔法的本质，是人类对超脱生死这一终极问题的寻求）；玛丽初入魔法学院，影片以宏大的场景，给玛丽和观众造成视觉冲击，都是在暗示魔法/科技力量的无远弗届，而对魔法/科技力量本身的正邪，则不置臧否。电影折中的态度，或许会让成年观众觉得价值观暧昧与模棱两可，对未成年观众倒提供了点到为止的思考空间。

影片的高潮情节与《天空之城》和《千与千寻》相对比，悬念性略有不足，但也足够精彩。玛丽重返魔法学校，带领被困生物实现胜利逃亡，是观众喜闻乐见的快乐结局。电影留下开放性的口子，不对魔法学校的命运给出决定性的断语，也是高明的留白，不过成年观众或许会觉得意犹未尽。

《玛丽与魔女之花》在媒体处收获的评论，比从观众处收获的更积极与正面。在IMDB网站与豆瓣网站，《玛丽与魔女之花》的评分分别为6.8分与6.4分，只能算马马虎虎。倒是在MetaCritic上的媒体评分为73分，表现不错。对于成年观众，《玛丽与魔女之花》的剧情未免太“清淡”；对于未成年观众，《玛丽与魔女之花》倒口味咸淡得中庸。家长朋友如果只是想为孩子挑选一部老少咸宜的动画电影，《玛丽与魔女之花》总还是最正确的选择。