郑芝龙对历史的其他影响还有作为先于荷兰人的，和李旦和颜思齐等人及部众在台湾建立基础，为汉人移台的主要据点。并为其子郑成功留下强大海上基业，郑成功以此资本抗清并在南京兵败后以海上武力成功驱逐荷兰人，收复台湾。

郑芝龙最鼎盛时期，拥兵十万以上；后来明朝灭亡，邓芝龙最后投降了清朝，清朝利用邓芝龙妄图让此刻在统治郑氏海盗集团的郑成功投降，但是郑成功没有理会，清政府遂将郑芝龙及其族人全斩。

至于郑芝龙的儿子郑成功，因蒙隆武帝赐明朝国姓“朱”，赐名成功，并封忠孝伯，世称“郑赐姓”、“郑国姓”、“国姓爷”，又因蒙永历帝封延平王，称“郑延平”。

1645年（清顺治二年，弘光元年）清军攻入江南，不久郑芝龙降清、田川氏在乱军中自尽；郑成功率领父亲旧部在中国东南沿海抗清，成为南明后期主要军事力量之一，一度由海路突袭、包围清江宁府（原明朝南京），但终遭清军击退，只能凭借海战优势固守泉州府的海岛厦门、金门。1661年（清顺治十八年，永历十五年）率军横渡台湾海峡，翌年击败荷兰东印度公司在台湾大员（今台湾台南市境内）的驻军，收复台湾，开启郑氏在台湾的统治。

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但是好景不长，郑成功死后，儿子郑经自金门发动军事政变，自称延平王（郡王爵位本非世袭），打败了控制台湾的郑成功之弟郑世袭，在台即位。然后改东都明京为东宁；他依陈永华之议，移植明朝中央官制，仍奉已死的永历帝正朔，成为了南明抗清的最后根据地。

1680年（康熙十九年），郑经及陈永华先后死去，权臣冯锡范拥郑经幼子郑克塽继位；后施琅领清军攻克澎湖，郑克塽乃于1683年（康熙二十二年）降清。总计郑氏政权统治台湾只有23年的时间而已；1684年（康熙二十三年）4月，台湾正式纳入大清帝国版图，隶属福建省，设台湾府，辖台湾县，凤山县与诸罗县。

称雄中国东南沿海的盛极一时上百年的超级海盗集团，就此正式覆灭。

数百条战船，十万级别以上的海盗，足以轻易灭掉一般的海上小国，如果当时郑芝龙有足够的魄力，甚至可以挥兵直搞欧洲，灭亡当时所谓西班牙、葡萄牙、英国、荷兰之流所谓海上强国实在太轻松，哪怕北上占据日本的一个州也不是难事，东南亚任何一个国家那都是没点问题，要知道荷兰军队和西班牙葡萄牙军队，都被郑芝龙打败，自立为王毫无压力，可惜太执着天朝上国，最终导致了覆灭。

至于郑氏家族在台湾的后续，在《鹿鼎记》中虽有夸大和小说成分，但是金庸先生也是考据过历史，当时郑氏家族的确以大明正统自居。

与当时中国周边的海盗相比，什么加勒比海盗，弱爆了。