史书记载，金代初年，潞、漷阴二县隶析津府。至贞元元年（1153年）漷阴县直属于中都路大兴府。天德三年，潞县为通州治所。元至元二十一年（1284年），通州及所领潞、三河二县隶属于大都路。至元十三年（1276年）八月，升漷阴县为漷州，割大兴府之武清、香河二县归州管辖。另外，迁漷州治于武清县境之河西务，至正元年（1341年）四月，“罢漷州河西务”，漷州治所因此而北迁于今区东南之漷县村处。明洪武元年（1368年）八月，明将徐达又攻占元大都，改名北平，并改元大都路曰北平府。从此潞县之名变成历史地名。通、漷二州俱隶北平府，洪武十四年（1381年）二月，漷州降格为漷县，改隶通州。至此，通州领有三河、武清、香河、漷县四县，属北平府管辖。

永乐元年（1403年）正月，改北平为北京，改北平府为顺天府。此后通州及所领四县均属顺天府。清顺治十六年（1659年），省漷县入通州，时通州领三河、武清、宝坻三县。

雍正六年（1728年）改三河、武清、宝坻三县直属顺天府，通州遂为散州，不再领县。民国元年（1912年）改顺天府为京兆地方，通州改名通县。民国十七年（1928年）废京兆，通县直属河北省。1948年底，通县全境解放。初于通县城关设通州市，通县人民政府迁驻张家湾。1949年通州市改为通县镇，为通县专区驻地。1953年11月撤销通县镇，改设通州市，由通县专区代管，仍为通县专区驻地，与通县同属通县专区。1958年3月7日，通县、通州市划归北京市。同年4月28日，撤销通县专区，将原辖蓟县、平谷、三河、大厂、香河五县划入唐山专区，密云、怀柔划入承德专区，固安县划入天津专区。通县与通州市划入北京市后，二者合并，改名通州区，1960年2月改名通县。1997年4月撤销通县设立通州区。