2016年6月30日，杜特尔特在菲律宾的马拉卡南宫正式宣誓就职，成为菲第16任总统，任期为六年。他在竞选时曾向选民保证将严打犯罪，尤其对铲除菲律宾泛滥的毒品，他曾放言“干掉10万人，尸体丢进马尼拉湾喂鱼”。杜特尔特在就职典礼上宣布将对犯罪分子“杀无赦”后，菲律宾政府在全国范围内，实施大规模终结毒品交易的“反毒品战争”。毒品犯罪与腐败、贫困并称是菲律宾的三大痼疾。菲律宾许多乡镇存在毒品犯罪问题，毒品犯罪覆盖首都马尼拉绝大部分区域。

7月25日，菲律宾马尼拉，总统杜特尔特发表就职后首场国情咨文。

71岁的杜特尔特对毒品深恶痛绝，他在曾担任菲南部最大城市达沃市市长22年，期间就以“铁血”闻名。在他的其任期内，这座高犯罪率的南部城市已变为菲律宾最安全的地区之一。2015年，达沃市荣获“世界第九大安全城市”称号。《菲律宾星报》7月21日报道称，菲国家警察局的记录显示，在7月中上旬，已有207名涉嫌贩毒和吸毒人员丧生。自首者更是多达十几万。为警告涉毒嫌犯，菲警方已经搜查61806家住户。1个多月来，常见有街头被击毙者身上挂着牌子，上面写着“我是毒贩，别效仿我，不然这将是你们的下场。”菲律宾警方高层直言：“有许多当选的社区负责人是用毒金作为竞选资金。如果这种趋势不被阻止的话，毒金将会用于政治。菲律宾正在毒品政治的边缘，毒品交易量在过去6年里不断上升。”据菲新社报道，菲首席检察官乔斯卡里达透露，菲毒品交易规模可分5个层级，交易最多的一级，毒贩能在每笔交易中卖出100公斤或更多的毒品。菲国家警察局局长德拉罗萨表示：“如果我们不这么做，我们将成为涉毒政客和涉毒恐怖分子的喽啰。我们到现在才有一位这样有种——请原谅我这么说总统阁下。他是如此强悍，正对毒品发动零容忍的战争。”据报道，7月5日，杜特尔特在空军庆典中揭发了5名警方高层，这些警官因涉嫌为毒枭提供保护伞而接受调查，其中3人被当场宣布革职。

7月14日，菲律宾马尼拉，菲律宾警方打击非法毒品犯罪，缴获大批冰毒。