9月14日，日本冲绳县知事翁长雄志召开记者会，表示将取消该县对名护市边野古沿岸填埋工程项目的行政许可，正式决定将于10月公布。翁长说，原许可存在法律问题，现已着手准备取消许可的程序。他还称，取消许可只是第一步，表达了“将不惜一切办法阻止在边野古建造新军事基地”的决心。

日本内阁官房长官菅义伟则坚称，原许可不存在法律瑕疵，冲绳县取消许可的做法无效。

在安倍内阁看来，边野古项目是替代驻日美军普天间机场的“唯一办法”；在美国方面看来，如果该项目得不到落实，普天间机场搬迁问题将无法推进。翁长雄志在2014年12月当选冲绳县知事的竞选中曾承诺，将努力取消、撤回前任知事对边野古项目的许可。冲绳方面的目标是必须将普天间机场迁到冲绳县外。

此前一个月，安倍内阁与冲绳方面集中举行了5轮谈判，但双方立场几乎都是平行线无法相交。彻底激怒翁长的是，安倍内阁在谈判中始终无视冲绳县的想法与当地居民的感受，展现出执意强行推动填埋过程的傲慢姿态。而且，冲绳防卫局在9月12日已重新开始填埋作业。

预计，在冲绳方面取消填埋许可后，安倍政府防卫当局可依据《行政不服审查法》提请日本国土交通省重新审核。审核需要一定时间，期间安倍政府主动中断填埋作业的可能性很小。国土交通省最终作出不利于冲绳结论的可能性很大。如果是这样，冲绳县则有权向司法机关提起诉讼。总之，安倍内阁与冲绳县正围绕边野古问题再次进入“全面对决”状态，法庭很可能成为今后双方激烈斗争的“主战场”。

据悉，翁长雄志还准备在9月21日、22日到瑞士日内瓦召开的联合国人权理事会上演讲，倾诉美军基地对当地所造成的沉重负担，以引起国际社会对冲绳问题的广泛关注。

关于新安保法案的博弈仍在继续。近日，日本国会参议院安保法案特别审议委员会围绕该法案的斗争趋于白热化。安倍意欲在9月18日之前一举通过法案，在野党则表示将动用一切政治战术予以阻止。如果法案最终被迫回到众议院重新表决，法案即使“成立”，安倍政权也将承担“否定参议院存在与价值”的政治后果，其负面影响将在明年夏季的参院选举中显现。安倍政权正抓紧与几个小党派谈判，希望达成交易以分化在野党立场。

14日下午，大量民众再次涌到国会大厦前举行抗议，组织者称抗议民众超过4.5万人，全天则达到8万人。诺贝尔文学奖获得者大江健三郎出现在抗议民众中间，他满怀危机感地说：“如果(新安保)法案通过了，70年来在和平宪法(庇护)之下的日本就不存在了。”

未来日美军事合作体制及前景，是日本国内有关安保问题争论的焦点问题。在参议院安保法案特别委员会14日的审议中，青年参议员山本太郎针对日美安保条约、日美地位协定、冲绳美军基地、冲绳密约等一系列问题，提出了猛烈抨击。山本太郎一度指着在场的安倍痛斥：“《日美地位协定》就是卖掉日本主权的卖国条约。”并质问：“(安倍)总理，是不是现在就应该改掉它呢？这可是你爷爷干的事啊！”

另据《神奈川新闻》报道，10月2日，美国核动力航母罗纳德·里根号将抵达神奈川县的美军横须贺基地，接替原来的乔治·华盛顿号继续服役。13日，约8000名民众在横须贺市举行集会并到基地前抗议，抗议民众高喊“不要战争、不要航母”“不要读不懂宪法的总理”(注：日语中“读不懂宪法”与“读不懂空气”一样都可简化为英文字母KY，贬义)。

13日，横滨市中区也有市民举行抗议。一名原自卫队队员在演讲中指出，安倍企图通过新安保法案强化对美军事合作，以获得美对日安全担保，那不过妄想。从阿富汗和伊拉克等战场的实情来看，如果日美行使集体自卫权，双方将在美军指挥下展开反游击或反恐作战，但战况一恶化，美军就会撤退。美国说到底还是依据自身国家利益行事，其正有通过扩大自卫队活动加强对日安保政策介入的意图，美国已经通过驻日美军基地等将日本纳入其军事体制之内。而且，“随着日美军事合作的强化，驻日美军基地遭受攻击的风险也将进一步升高”。