之后，董仲舒被派到江都王刘非（汉武帝的哥哥）那里当国相。刘非一直想要称霸，希望得到董仲舒的辅佐。

而且把董仲舒比作辅助齐桓公称霸诸侯的管仲，也就是希望董仲舒要象管仲辅助齐桓公一样来辅助自己，以篡夺中央政权。

但是董仲舒借古喻今地对他进行了规劝，指出“仁人者，正其义不谋其利;明其道不计其功。是以仲尼之门，五尺之童，羞称五伯(霸)”，暗示其不要称霸。

在江都期间，董仲舒还遭遇了一生最大的变故。有一次，皇家宫殿发生了火灾，董仲舒认为是宣扬天人感应的好机会，于是带病写就了一份奏章，想以火灾警示汉武帝上天已发怒。

结果奏章还没呈上，主父偃到了董家做客，看见奏章，因妒董仲舒之才，就把奏章草稿偷走，交给了汉武帝。武帝看后大怒，决定处死董仲舒。后怜其才，赦免了死罪，罢其国相之职。

从此，董仲舒不敢再说灾异之事，而是干起了老本行，从事教学活动，又教了十年的《公羊春秋》。

公元前125年，公孙弘推荐董仲舒到胶西王刘瑞处担任国相。后辞职回家，居家著书，朝廷每有大事，便派使者及廷尉到其家请教，仍受武帝尊重。

董仲舒的特点是将儒学神学化，这也成为儒家思想发展的一个关节点。

董仲舒著作很多，但大部分已经失传，只有《春秋繁露》一书流传了下来。而根据考证，《春秋繁露》也是后人辑录董仲舒的遗作而成，大概成于隋唐时期。

董仲舒对后世影响最深刻的便是针对当时中央集权的需要，提出了春秋大一统”和“罢黜百家，独尊儒术”的思想主张。

“罢黜百家，独尊儒术”使得春秋时期的诸多思想随风而逝。中国史再也不现当年之盛况。

但是，就当时社会环境而言，董仲舒的思想主张，是有利于确立君主至高无上的地位，能够维护社会的稳定和和谐。所以能被当时的汉武帝所接受。