井伊直弼于1858年发动“安政大狱”，矛头直指水户藩。水户藩家老安岛带刀被处切腹，被斩首的8人中，水户藩占了4人。此外，水户藩士和宫、堂上公家及其家臣大多都因受“戊午密敕”的牵连而被处罚。从根本上来说，这次水户藩受到严惩就两个原因，其一是他们企图拥立一桥庆喜（德川庆喜）为将军世子，二是他们煽动公家及家臣，还下达了戊午密敕。

安政大狱中受难的重量级人物，吉田松阴较为特殊，首先他并非水户藩的人，而是长州藩藩士。其次，他与将军继承人政争并无直接关系。不过在审讯过程中，吉田松阴坦白了袭击老中间部诠胜的计划，他有为人熟知的“草莽崛起论”主张，否定体制内的权力，而袭击幕府要人，就是他为日本崛起，呼吁国民奋起的一种手段。可以说吉田松阴之所以被处以极刑，很大程度是因为其革命性的思想绝不能为幕府所容。安政六年（1859）十月二十七日，年仅29岁的吉田松阴在江户马町狱舍刑场受刑。临终的前一天，他在遗书《留魂录》中写下辞世诗：“肉躯纵曝武藏野，白骨犹唱大和魂。”

松阴虽然死去，但其思想却如燎原之火般迅猛燃烧，在其后如火如荼的尊王攘夷运动中，遍布松阴的门人，一次次对幕府这个庞然大物发起无畏的挑战。另一方面，在遭受安政大狱的惨痛打击后，水户藩浪士的反弹也是激烈的，樱田门外之变，大老井伊直弼身首异处。这场成功的刺杀固然与安政大狱有关，但这仅仅只是部分原因，早在安政大狱之前的1858年秋，越前、长州、萨摩的几名藩士在江户会面，商议了三个问题，其中第一个问题便是袭击大老引起动乱，然后由越前、长州和萨摩来保卫京都，最终达到革新幕政的目的。也就是说早在大狱之前，浪士们就已将暗杀幕府要人作为“革新”的手段，大狱兴起只是加速了这一方针的落实。