科举制度对中国最大影响除了选官之外，最重要的还是影响了中国自然科学的发展。科举制以儒学为考试内容，从而导致了自然科学技术的发展受到了阻碍。“四书”在观念上成为学问的全部，自然科学技术则被视为无足轻重乃至与传统利益相悖逆的东西。读四书五经可以做官，但是研究发明却带不来任何利益，据几个例子宋应星的《天工开物》写成后，因“此书与功名进取毫不相关”而遭冷落；李时珍历试不中后，潜心从事医学研究，但他的《本草纲目》写成后无人问津，甚至在他去世后朝廷仍然不许刊行，“从皇帝到文人学士，对自然科学技术不仅不懂，而且不屑一顾，盲目排斥”。

虽然科举有万般不好，但是他已经成为封建社会的一部分，而清朝在社会制度没有更改，也没有建立更好的选官制度时废除了科举，带来的影响是巨大的。

在我看来有两方面影响是巨大的。

第一个就是农村教育的停滞，按照朝中大臣们的看法，特别是袁世凯和张之洞，科举废除了，大批的读书人就会去新式学堂，肯定有一部分人是这样的选择，但是对于绝大多数的农村来说，读书时功利的，就是为了做官，去了新式学堂花费又贵，毕业之后可能面临没有官做，又没有工作，导致绝大读农村对于新式学堂的不信任，从而使农村教育水平下降。

第二个就是选官倒退，科举废除，没有建立新的选官制度，从而使中国又回到了主观选官的时代，腐败丛生，而很多读书人由于找不到实现抱负的路径，从而走向了革命的道路，就这样清朝轰然倒塌。